CsaV3_3G047860 (gene) Cucumber (Chinese Long) v3
The following sequences are available for this feature:
Legend: exonpolypeptideCDS Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.AGGAAGTTCATCTAATTCGCCCGTATATAAATATTTGGACAGACCTCAAAGACGGTTCTCAGCTTGGAGCGAAAATTGTAGAATGATCGGAATCCTTCACTGCAGCAACTGCAGATTATCCTTCGGAGTTTGATTTCCCCTAGGGTTTCTTTGAGTTCTCTACCGTCTAATGGAGGACTTCGCCTTTCACGATGGCAACGTATGCGCTTTGCTTGAGAGCAGGCACATCAACTTTCGTCAAGTATGTCTAATTGATCTTTTTTTTTTTTCTTTCTTTTTCTTTTTCTCTTCTCATCGAGGTTGCATTTGTTCAACTTCAAGTGTTGAGTTACTTGAATTTTTTTCTTGGATAGGATGTGAATTGTAGGCGTATTTTGCTTTTTGTGGCGTGAACGTACTTTCATTAGGAGGAGATTGTTAGCGTGAATTTTGGATATATCATTCTCCTTATTGGATTTAGTTGAATTTTTTTGTTAGAGGCGAAGTGAGGAGTTCGTTGTTATGAAATGAATATAGGAAATATTGGATTGTTTGAAGGCTGTTTGTGGACGATAAGCAATGCAAATTTGGTTCGGTCGATTTGGAAGTTTCTGAAATTGCTAAAATAAATGTTCATTTTAGTGCGTCTTTTTTACTTATTTGATCAATTTCCTTGATGTGTCATTAGTCGAAGCAAGATGTAACAGTAGTAAAGCATTTGATTATGATCATTATTGTTTTCATTCGTATTCTTGACATTGGAATTATCTCTTAATTCTTTGCCTACGGATACTTTTTTTTTAAAAGTTGTAAAGGAGGATGCAGCATTATTTTTTTAAAAAAAACAAGGCAAATTTAAAGTTGAACAACTTAGATCCCTAGGCATGAGATAGATTGCTGTTTGACTGTTATACAAGCATTTCCGGATTAAATTCTATTGTTATGTTCTCACTTTTTCATTCTCTATTTAACAGAACACGACAGAAAACATAGTTTTGAAGATTAATATGTTATTCATTCATCGATGAATATATATGAAATCCCAGACTATACGTATAAAATGAGGATGTCTAGGTTCCAAAGGAAAATAATATCAGCATGCCATTTTCTTATTTTAAAGTTCATTTTCAGCTTTACTTTCTTGGTGACTTGTTTTATATGTTATATGTTATTTTCAATGTTCATCAAGTAGTATTGCATTCTGAAGGAAGGAAAAAAATTGTGATATGCTTCACTTAATATGGAAACATAAGGGTCCACTTTATGAAATCAAATTTTATGAAGATTTTGATTTTCTCTCGTATGAATTTGTTTGATAAGTCATATATGTATGCAGGATCCCGCCTATGGTTTGCAGATGCACTCATCATTCATCCAAAGACTCTCCCAGGAAAAGGAACTGGAGGTCTGTATGGATTTAAGTTTCTATCCGTTTTGATGTCTAAAGTTGTTCTATTTACAGTGGTTGCACCCTTTTTTGTACGTCCTATATTCTTTGAAAAATTTCAATGAAAGTGCAGGTACCTAAAAAAACAACAATTTTCTTTTTGTTGTTAGTTTAAAAATAAATGAAGAACCAGCATTTCAGATAAATTGAAAGAAAAAGAAAACACTGTTCTTACATCACATATTCTTTGTTGAAATTATATGTGAAGCTTTATGTTTTATACTGTGTCAGGTTCATGGTGTACCTGGTAATAGTATAATTATCCATGTCATTTAAAATGCCTCCCCACCCATTTGATATACTGCTGGTTTCTCTCCTATTTATTATGGGGATGAAACACTTCTAAATATGTCAAAAGATTGAGGAGATATGGTCTCTTATGAGATTTAATGCCTTCCTTTGGACATCAGTTATTAGAGCTTTTTGTGAAAACCCTTTTGTGTTTGATTGTTTCAGTCTTTCAGATTGGACCCATTTCTTCTGTAGCTAGTTTGGGGTTTAGGCTCCCCTTTTGATGGCTGATTTTGTTTTCCCCTTCAAACTGTTACATTTTTATTCCATGAAAGAAGGTTTTCTGATTAAAAAACATACTGGCGGAAGATAAATGGGCCCGTTGCTTTTTATTGGACGTTGTTTCTTATTTGTTGTTTTAAGCTGTATGAACACAAGTTGTTGACTACATATTCTTTTCTCATTGAAAGTTATCAAATTAGTTCCTGGCGGTTATATTCTCTTAAGTTAACATTTTTTCAGGTGACTCATGTAGCCTAGTCACTATATTGGACAAGGATTGAAATTATTTTTTTTCCCAAAAAAAAAAGGATGAGGCCAGTTCATACCGTCTTTTGAAGTAGGAGAGAATGATAAAGTCTTTCCTTGCTATGTTGGATGCATGATCTAGTGTTTGTACCTTTTTCTCCCAAATCCGTGCAAATATTGTTTCTCCTTCTTTCCCTTGCGATTCCATCTTTTTTCTCTCTTTTCAGGGGCACCAGGGGTGTGTTAATGCAGTGGCCTGGAATTCTCGTGGTTCGCTTTTGATATCTGGATCAGATGACACTCGAGTAAGAGTTTCCCTTCAGTTTTATGACTTAATTACCTTAGATCTACAGTAGCCTGTGGATGACTCAATGTTTTGGTTTTGGTGGTGGACAAGTTTTATCGTTGAACTATGTTTAGTGGAAACTGGGTCTATTCTTGAAGATTGAATCAATAAATTTGTGGCTCTTTGTGAAAATGACCATATTAGTATGTATTTCTGAATGTTTTTTTCCTGCTGACAACAAATTTCGGACCAAAAGAATTTAAGACAATGATTCCTGTTGTAAAGCAGAATTAAATTCATACCAGTATGAATCTGACTCTATTTTTGTGGAGAATGGTCTCCTACATTGTTAACTTTGCTCATATGGCAACTGCCGATCATTGCAGGTGGTGGTGCATGCAGATTGAGTTAGAAAATGCCTAAAATTTGAATCCCAAGTTAGTCATTTGTGCTGCATGTTGGTGAAGTCTTTAAATGCCTAAAATTTGAGTTGAGAGTGTGGTGATATGTTTTCTTACGGTTTTTGAGACGGAAAATGCTATTTCTATGAAATTTATAGATATTAATAGTTTCTGAATTCTTAAAATTTGACTTATCAAATTTTATTCTCAAGAAATTTTCTTTGGATGGACAATATAAAATTGAAAACTAGAGCTTCGGAACTCGATAAGGAAGATACCAAACTAGAAGCATGAATTCAGATATAGATACAAGGCACAAATGCAACACGGACACACGGCGATGCATCATATTGTAAAATTCTAGGACACGACACGGCAATAACACGTTTATTATAATATATAGTTTAAGAAATATTTATCATTTTTATATTAAAGAAAATTCAAAGCAATTAGGCCGATGCATTTGGCTTAAAAAAGTTAGCTTAATGTATTACACACTCAAAAGTTATTATTATTGTCATATATGTGGCTTTTTAGACTAAGCATTCTATGCATGTCTTAACACTTTTGATGCACTAACATGTGTACAACAAGTGTCCGACACGTGTCAGACACGGACATGCTAACTGAACTAAAGTGTCCGTGCTTCTTAGCACCAAAGATATAACCCTGAATATTTTATCCCAATGTTATTGGAATTGTATTTAGTTAAGGCAGTAATGATTAGTTGATATTGAAGGATTAGCATGTTTCTACCTCATCTCTTAGATGGTAATTGGTTTATCTGTGTTTGTATTGCATAATGCATAAACTCTTTTTTTAATCTCCATTCTTTGAAGAAAAAATATGTTCTCTGGAAGTTATTGTTAATCATGCTTTTTTGCAGATAAACATCTGGAGCTATTCTGGTCGAAAACTATTGCACTCTGTGGATACTGGGCATTCTGCAAACATATTTTGCACAAAATTTGTTCCTGAAATGTCTGATGATCTTGTGCTCTCGGGAGCTGGGGATGCAGAGGTTTAATATGCTATAGTGCAAAATTTCTCATGGATGTTTATGCTTGCAGTTGGATTTTGCTCACTATTTCTCTTTTTGCGGGGGGTGGGGGTTGTTTTCTTTACAGGTGAGGTTGTTTAATTTATCTCGCTTAAGAGGGAGAGGACAAGATGATAATCCCATAGCCCCATCAGCTTTGTATCGCTGTCACGCCAGAAGAGTAAAAAAATTAGCTGTAAGCAACTCAATGGGAAATATATTTTCGTAATTTCTACCAACTAGGCGTAAGATTTATTTATTATGAATGATCAGGTTGTGCTGTAGTAAATTTTGGTTAAATCTCATGTATTTCGTTTTGAGAATATCTTTCTTCTATTCTTGAAGGTTGAAATAGGGAATCCAAATGTAGTATGGAGTGCTAGTGAGGACGGAACTCTTAGACAGCATGACTTTCGAGAGGGCATGTCTTGTCCTCCTGATGGAGCTTCTCACCAAGAATGCCACAATGTTCTTGTAAGTAGCATTTTGTCCAGAATTTTTTGTTTTTTTTCCTGTTAAATCACCCATCAATAAAAAATTTTTAGGGAAAATTTCAAAAATGATAAAGTGAGGCAAAATATTTACACTTCATAGCAAAATCAAGTGTAATGGGTTTTTGTCCTTTAGTGATTTTTTGCTATGAAGTGTATTTGTTTTTTTATTTTTATTTTATTTATTATTATTCTTGAAAAAACCCAAAAAATTTAAGTAAATGTGTTGTGGTAAATTTAGTCTTATTATCTATACTTGGACTTCCTCTGCTTGTGGTGGGCTCATAAATGTATTTAAGGCCCAACGCATAGTTACCAATATTAATTAAGGAGGTGAGGTAATGACTTGACAAGGGTTCGAATACTATGCCTCCTGCTTTGGCATCATGCCAGATAAATCGCCAATCATTTGACACCCCTTAACACTTGTATTTGATGAACTAGTTATGTGGGAACCTTCTTCTTCTTCATTTCCCCCCCCATATTCTTGCTAGTTGAGAAGCAAGGTTCTTCCATATTCTTGCTAGTTTGTACCTCCTTGGCTCCTTTGCTTAATTCATTCTGTTTCTTAACAAATACAATTTAGTGATAT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MEDFAFHDGNVCALLESRHINFRQDPAYGLQMHSSFIQRLSQEKELEGHQGCVNAVAWNSRGSLLISGSDDTRINIWSYSGRKLLHSVDTGHSANIFCTKFVPEMSDDLVLSGAGDAEVRLFNLSRLRGRGQDDNPIAPSALYRCHARRVKKLAVEIGNPNVVWSASEDGTLRQHDFREGMSCPPDGASHQECHNVLLDLRCGAKRSLADPPRQTLALKSCDISSTRPHLLLVGGSDAFARLYDRRMLPPLSSSQKRMSPPPCVSYFCPMHLSDRVRSGLHLTHVTFSPNGEEILLSYSGEHVYLMNVNHGGLGTMQYTSGDVSKLMSFTPVLNGFELQHHVSNLSNSFPLNCGGNAKLDRSRKLLQIAEKCLEGGNYFGGIEACNEILDGNGRNIGVILKHDSLCTRAALLLKRKWKNDVHMAIRDCYSARKIDHSSFRAHYYMCEALSQLGRHKEALDFAFAAQCLAPSNSEVAEKVESIKRDLAADANSDVSQDGLRSEREDSDYDEEVELDFETLSGDESHDVDSNVLHGSLNLRIHRRIDPSRERVGPNGSCGSPSSSQNDATLYQPEPVIDMKQRYVGHCNIGTDIKQASFLGQKGEYVASGSDDGRWFIWEKETGRLIKILVGDGAVVNCVQSHPFDCAIATSGIDNTIKLWTPTAPVPSVVAGGAVGPQEADVLAVIENNQRRLCRNREAILPFEILERFRMHDFSEGSLHPFECAQS
BLAST of CsaV3_3G047860 vs. NCBI nr
Match: XP_011652573.1 (PREDICTED: WD repeat protein iqw1 isoform X2 [Cucumis sativus]) HSP 1 Score: 1489.9 bits (3856), Expect = 0.0e+00 Identity = 726/726 (100.00%), Postives = 726/726 (100.00%), Query Frame = 0
BLAST of CsaV3_3G047860 vs. NCBI nr
Match: XP_011652572.1 (PREDICTED: WD and tetratricopeptide repeats protein 1 isoform X1 [Cucumis sativus] >KGN60247.1 hypothetical protein Csa_3G890030 [Cucumis sativus]) HSP 1 Score: 1473.4 bits (3813), Expect = 0.0e+00 Identity = 726/758 (95.78%), Postives = 726/758 (95.78%), Query Frame = 0
BLAST of CsaV3_3G047860 vs. NCBI nr
Match: XP_008466179.1 (PREDICTED: WD repeat protein iqw1 isoform X2 [Cucumis melo]) HSP 1 Score: 1427.9 bits (3695), Expect = 0.0e+00 Identity = 697/726 (96.01%), Postives = 707/726 (97.38%), Query Frame = 0
BLAST of CsaV3_3G047860 vs. NCBI nr
Match: XP_008466177.1 (PREDICTED: WD and tetratricopeptide repeats protein 1 isoform X1 [Cucumis melo]) HSP 1 Score: 1411.4 bits (3652), Expect = 0.0e+00 Identity = 697/758 (91.95%), Postives = 707/758 (93.27%), Query Frame = 0
BLAST of CsaV3_3G047860 vs. NCBI nr
Match: XP_023524083.1 (WD repeat protein iqw1-like isoform X3 [Cucurbita pepo subsp. pepo]) HSP 1 Score: 1379.8 bits (3570), Expect = 0.0e+00 Identity = 672/726 (92.56%), Postives = 691/726 (95.18%), Query Frame = 0
BLAST of CsaV3_3G047860 vs. TAIR10
Match: AT5G10940.1 (transducin family protein / WD-40 repeat family protein) HSP 1 Score: 947.2 bits (2447), Expect = 5.9e-276 Identity = 481/761 (63.21%), Postives = 570/761 (74.90%), Query Frame = 0
BLAST of CsaV3_3G047860 vs. TAIR10
Match: AT3G45620.2 (Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein) HSP 1 Score: 147.1 bits (370), Expect = 4.1e-35 Identity = 94/278 (33.81%), Postives = 143/278 (51.44%), Query Frame = 0
HSP 2 Score: 89.7 bits (221), Expect = 7.8e-18 Identity = 43/92 (46.74%), Postives = 62/92 (67.39%), Query Frame = 0
BLAST of CsaV3_3G047860 vs. TAIR10
Match: AT4G38480.1 (Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein) HSP 1 Score: 128.3 bits (321), Expect = 2.0e-29 Identity = 90/284 (31.69%), Postives = 139/284 (48.94%), Query Frame = 0
HSP 2 Score: 84.7 bits (208), Expect = 2.5e-16 Identity = 43/94 (45.74%), Postives = 55/94 (58.51%), Query Frame = 0
BLAST of CsaV3_3G047860 vs. TAIR10
Match: AT4G35140.1 (Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein) HSP 1 Score: 122.9 bits (307), Expect = 8.3e-28 Identity = 86/280 (30.71%), Postives = 130/280 (46.43%), Query Frame = 0
HSP 2 Score: 86.7 bits (213), Expect = 6.6e-17 Identity = 40/82 (48.78%), Postives = 54/82 (65.85%), Query Frame = 0
BLAST of CsaV3_3G047860 vs. TAIR10
Match: AT5G08560.1 (transducin family protein / WD-40 repeat family protein) HSP 1 Score: 60.1 bits (144), Expect = 6.6e-09 Identity = 31/80 (38.75%), Postives = 46/80 (57.50%), Query Frame = 0
BLAST of CsaV3_3G047860 vs. Swiss-Prot
Match: sp|Q8N5D0|WDTC1_HUMAN (WD and tetratricopeptide repeats protein 1 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=WDTC1 PE=1 SV=2) HSP 1 Score: 282.3 bits (721), Expect = 1.5e-74 Identity = 232/742 (31.27%), Postives = 334/742 (45.01%), Query Frame = 0
BLAST of CsaV3_3G047860 vs. Swiss-Prot
Match: sp|Q80ZK9|WDTC1_MOUSE (WD and tetratricopeptide repeats protein 1 OS=Mus musculus OX=10090 GN=Wdtc1 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 268.9 bits (686), Expect = 1.7e-70 Identity = 222/715 (31.05%), Postives = 309/715 (43.22%), Query Frame = 0
BLAST of CsaV3_3G047860 vs. Swiss-Prot
Match: sp|O94527|IQW1_SCHPO (WD repeat protein iqw1 OS=Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) OX=284812 GN=iqw1 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 177.9 bits (450), Expect = 3.9e-43 Identity = 189/755 (25.03%), Postives = 295/755 (39.07%), Query Frame = 0
BLAST of CsaV3_3G047860 vs. Swiss-Prot
Match: sp|Q58WW2|DCAF6_HUMAN (DDB1- and CUL4-associated factor 6 OS=Homo sapiens OX=9606 GN=DCAF6 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 146.7 bits (369), Expect = 9.7e-34 Identity = 181/797 (22.71%), Postives = 297/797 (37.26%), Query Frame = 0
BLAST of CsaV3_3G047860 vs. Swiss-Prot
Match: sp|Q5R9B8|DCAF6_PONAB (DDB1- and CUL4-associated factor 6 OS=Pongo abelii OX=9601 GN=DCAF6 PE=2 SV=2) HSP 1 Score: 146.4 bits (368), Expect = 1.3e-33 Identity = 185/788 (23.48%), Postives = 292/788 (37.06%), Query Frame = 0
BLAST of CsaV3_3G047860 vs. TrEMBL
Match: tr|A0A0A0LHL7|A0A0A0LHL7_CUCSA (Uncharacterized protein OS=Cucumis sativus OX=3659 GN=Csa_3G890030 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 1473.4 bits (3813), Expect = 0.0e+00 Identity = 726/758 (95.78%), Postives = 726/758 (95.78%), Query Frame = 0
BLAST of CsaV3_3G047860 vs. TrEMBL
Match: tr|A0A1S3CS08|A0A1S3CS08_CUCME (WD repeat protein iqw1 isoform X2 OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC103503671 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 1427.9 bits (3695), Expect = 0.0e+00 Identity = 697/726 (96.01%), Postives = 707/726 (97.38%), Query Frame = 0
BLAST of CsaV3_3G047860 vs. TrEMBL
Match: tr|A0A1S3CQV7|A0A1S3CQV7_CUCME (WD and tetratricopeptide repeats protein 1 isoform X1 OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC103503671 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 1411.4 bits (3652), Expect = 0.0e+00 Identity = 697/758 (91.95%), Postives = 707/758 (93.27%), Query Frame = 0
BLAST of CsaV3_3G047860 vs. TrEMBL
Match: tr|A0A067LAC0|A0A067LAC0_JATCU (Uncharacterized protein OS=Jatropha curcas OX=180498 GN=JCGZ_15862 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 1130.2 bits (2922), Expect = 0.0e+00 Identity = 555/766 (72.45%), Postives = 639/766 (83.42%), Query Frame = 0
BLAST of CsaV3_3G047860 vs. TrEMBL
Match: tr|A0A251RH28|A0A251RH28_PRUPE (Uncharacterized protein OS=Prunus persica OX=3760 GN=PRUPE_1G527400 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 1128.2 bits (2917), Expect = 0.0e+00 Identity = 556/763 (72.87%), Postives = 629/763 (82.44%), Query Frame = 0
The following BLAST results are available for this feature:
The following terms have been associated with this gene:
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
The following mRNA feature(s) are a part of this gene:
Analysis Name: InterPro Annotations of cucumber chineselong genome (v3)
Date Performed: 2019-03-04
The following gene(s) are orthologous to this gene:
The following gene(s) are paralogous to this gene: None The following block(s) are covering this gene:
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