CsaV3_2G010100 (gene) Cucumber (Chinese Long) v3

Overview
NameCsaV3_2G010100
Typegene
OrganismCucumis sativus (Cucumber (Chinese Long) v3)
Description30S ribosomal protein S4, chloroplastic
Locationchr2 : 6848349 .. 6854213 (+)
Genome Viewer
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: polypeptideexonCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
ATGAAGCTTGAATTTCAATACTCAAATTTCGGATTCAGAATGCAACAATCAAACTGGATTTCAAAATCCTCATATTGTATGGAGATCAAGTTAATGTGAAGAGCCACCACTAAGCCATTTCATTTTTGTTATGGGGTTATTCATTAACTATTTCTAATTTATTATTATTATTATTTAAAAATTGAGCTTATTTTCTTTTATTTTAGAAGAGTTGCATTTTTAACCCATTCGAAAAACAAAAACAAAATTTTTAAGGTTACGTGTTTCGTGTTTTTTGAAATAGAAAAAAATAAATAAAAATATTTACAAATATAGTAAAATATCATAATTTATTTGTGATAGAGATTGTGATACATTACTATTTCTATCTATCACGACAAAGATATGCATAGATAATAGTCTATCGTGATCTATTGGTGATAAACGGAGATATTTTGCTATATCTATAAATATTTTTAGTAATTTTGTCATTCAAAATAACTTCCTTTTTTCCTTTCAAATTTTGACTTGATTTTTTAAAACACAGGTAAAAAAGTAAATCTCCAAATTAAAACACACGATAAGGGAATATGACAGTGAACACTTAACCAATTATCATGTGACGAGCTAGGAGAGGAGGAGTCTAGTTAATTAGCTAAACATAGATTAAGTTTGATTTAAGTTAAGCATAGTTTAAGAAGGATACTAAACTAACACAAGTAACACACTATGTAGGAGTTGTCGAGCTTAGGAGAAGTGTAATGCTGACTAACCTAATTTGGGGAGAGTATAAATAGGTCTGAAGATAGATTAATTCTAGTGTTTAGATTAGAGGAAGGTCTGTTAGAGGAGTAAAGATGAAGTTCATTGTAGGACTAGATGATAAGAAGGAATTAAAAGAGTTCGACGATAAGAAGGAGAGAAAGGAAAAAAGAAAAGCTTAGCTGAGTGAATGACCCCTTCAAAAGTTGAAATTTTTTTTATCACCAAAGTCATGTTGTTAAATATGCTCATGTTGTAATCTCATATAGACATATAAAAGAACATGACCGATTTGAAGTATGTTTTTGTTTGTGAAGTTGTATTGTTGTGATGCTTGTATGTATGCAAAACAATTAGCCTTTTTTCTGATCAAAGCGAGCTATTATATGTACATAAGAGTAAAGGATGCCATGCATTGAGTGGTCCGCTTGGTAGAAAGATGGTTGAATGCATTGAGTGGTTCATGTTCAAGTTAATTGCCAAGCAACTGGTATTGAATAAGGGTCTATAGGGATGTTGATGGTGAAGTTGTAATCATCATATTCACAACAGTCTTTGTGTTGAGGAAGTTCAATGTCCAGGCGTTAGAAATAAGTAGAGACTAATGTGATTATTGTGTTGTTTACCACATAGTGAGGCGTTAAGACATTTCTAAAAAAAAAGTTTATTGTAACAAAATCAAATTCAATAGTAATACTTTATATTCTTAACTAACGCTTCCAAATGTGGGGATTTAAATCTTTAATTCAAGGGACTGATTTTTTTTTACTTTTTTTTTTTTTTGCATTCTATTGTTATGAATAAATATTATGTTAATTTTGATTTTAAAAAAAAAATAATGTAATTTTTGAACCACATGTCAAAAATAGTAGGGTGAATCCAAAACTATTGACAAAAATATGTGACTTCAGGTGAAGTTGTGTCCCACAACTTCTATTTTTTACCTTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATTACACGGATCTCCACACATTCTTATTTTTTTCATTATTTATATACATTATGCGTGGGTACTACACATTCTACTTGTTCTCATTATTTATATATACGTACACGCGCATATATATATTAAACATTCAAATTCTAAAAACATATTTATTAAATTAGTTTTTTTTTCTTTTTTTCTTTATATATATTTAAATATCTCAATCTTCACTCTTCAATTTTTCTTATTAAATTCATTTTTTCTAATTTAATTTAATTATTTCTTAATCAAAATTATACATATTGTTTTTTTTCTTTCAAATTTTCAACTTTTTTTTTATCATATATTAACCAAAATATGTTAAACAAATGAAAACAATAATAATAATAACTTAGACAAGTTGAGGTTACTCCAACAAAAAATAATAATAATAACACTTAAATACACTAATTGAATAAATTTTTTTAATGTTTATGGCAAAAGAAAAAGAAAAAGAATTGGTTCGATTACAAATCAAATTTAAAAAACTTAACTAATAATTTTCGAATGCAAACTAAATTTAAAAAACTTAACCAATAATTTTTTATCGTAAAATTGTTATTATTATTATTTTTAGAGTAAATTTCGACTTCTTTTAATTATTATTATTATTTTATTTTAATTTGTTTAATATATTTTTTAATAACATATTTTATTGGTATATATACTTTTTAAATAGAAATTAGAAAAAGATACATATAATTTTAGTTAAAAAGTAATTGAATTAAATTAGAAAAGATCGATTTAAATAGAAAATTAGAAAAAGATACGTATAATTTTAGTTAAAAAATAATTAAATTAAATCAGAAAAGATGAATTTAATAAAAAAAAAAGTTGAAAATGGAAGATTGAGATATTTAATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAAAGAAAAAGAAAAGAAAAGAAAAATATTGATTTAGTTAAGTTTTTGAAATTTAATTTGTAATCCAACCAATTTTTATTTTTTTTTTCTTTTATCATAAACATTAATTTTTTTTATTTCAATGTGCATTGGTGGCTTCAAGTGTTATTATTATTATTATTGGAGAGTAACTTCAACTTCTCTCCATTATTATTATTATTATTTTCATTTGTTTAATAACATATTTTGTTAAAAAAACTTGAAAATTGAAAAAAAATATGTATAATTTTAATTAAGAAATAATTAAAATAAATTAAAAAATGAATTTAATAAGAAAAATTGAAGATGGAAGATTGAGATATTTATAAAGAAAAAAGAAAAATAAGAAATTAATTTAATAGAGATATTTTTAGAATTTGAATGTTTAATATACATCTCTTTGTGGACATGTATAAATAAATAATGAGAAAAAGTATAATGTGTGGAACTCACGCATAACGTATATAAATAATGAGAAAATAAAAATATGTGGAACCTAATGTAATATATATATAAAGAAAGATAAAGAAAAAAAATAAAAAATGTGGAGTCCACTGCATGGAAGTCATGGATAAGGTACACGACTTCACCTAAACTCACTTATTTTTGTCAATAACTTTTGCATTTACTGTTTCACGTATGTTTCAAAATTTACGTTACTCTCTAAAAAAAAGTTATAACTTGTGTAAAAGTACATATTATATAATTATTTTTGGAAGCTCTAGAAGTTGAGATGTAGGTGGTAAAGTTCACTTGGGCCTTATATCCTTAAGGTGGGTTAGGGTCTAATAGCTTTTGGGTCCAACGATTGAACTTTAGCTTTCAACCAATGTTTATTTTTTCTCACTCAAATTGGGTTCCACTTTGGACCCAATTTATTAAAGAGACAATCCCATTCTATTTACTTTTAATTAATATTTTCTCTCGTAAAATTTGTGGGTTTATTATATATTGTGTTCATAAATTTGACCAAGTTTAGGGTCAATTCTCTAAATTAATTAAGTTATCATGCATTCACTAAATTTCATCTCTTGTTTAGGGACATTTTCTAAAAATAGCAAAATAAATTAAAATATTAATAAGTTAGGATAAAATTTAAAATTTTATCCATCCCCCATGGGGTGGTGAAGGGAGGGCCCCAATTGGTAGAAAAAAACCCGCAACCTCTTGGGGTTATTCTGCACTTGGAAGAAGAAGTAGAAAAAGGAATAAATATAGTGATAATTCGACTATTCCTCAAGCCCGACAATTAGTTAATCATAGACATATTTTAGTTAATGGTTCTATAGTGGATATACCAAGTTATCGGTGCAAACCCCGAGATATTATTACAGCAAAAGATGAAAAAAAATCGAGAACACTGATTCAAAATTATCTTGATTCATCCCCCCCTCAGGAATTGCTAAAATGATAGCTACTGATAAATTTCTATCACTGTTTATCAATACCACTAATAGAAACATATTAGTGATTATTAATCTTCTTTTTCGCATGCATTTGTTCTTCTCACTCACACGTATCTTAGAAATTTTTTCAAGAAGTCACTCTACATAGCATTAGATAATAGTAATTTTCATTTATTTTAAGTCTTTATTAACCATACTTTTAACATACTTTCATATCCTGCTCAGGATCTTTCTTGATTCATTTATGTTTCACTGCTAAACCAAAGACGCTAAAATTTACAAAATACAGGAATAGATGTGTTCGTACAGTACTAAATTGAGTCGAGAGAATAAAGCGCCGGAAAATGTAGGAATATTAAAGTAAATAATAGAAATTGTAGGGCATTATTTATGGTATGGGGAAAGTAAAATAAATTTGTAGGGTCAATGGGGGTATGGATGCAATATGATTATTACTTGGTATTAAAAGTTGTGTTAGTTAGGTTTCATTCAAATCAAAACTGCCCTTACAGCTTCTTGTTTTTCTTACAAACAGAGTTGAATGATTGGGATGTAAAGTTGTTGATAAGTTATTACCCCACCACACAACATCACCTTTAATCATACAAATACTCCATCCCATTTCTTTCTTTCTTTTATTTTTCATCACTTACCTTTATATTCTTTTTTTATTATAAATGTCCATTAGCATGCTTAGTGGCTATAGTCACATGTCAACTCCTTAATCATTCAACATTTATGTCATGTGTCTATCAAATACTCACACTTAGTGGTTATTTAATTCACCTCATGCTTCTCAATTTGCCTATAAACATTGACATTCAGTGGGTTTTCTGGGTTTCAATATTCCATCTATGCCTCATTTTCACAATATTTTTCTTCTTCATTTTTTTTGTAATTTTTCATTGCTTGTGATTGTGTAATTGTAGGCTTAATAATAACAAATTAATTAGGTTTGTCTGCACTTTCTGAGTCATGGTGGTGAATCTTCTTCTCCTAGTCTCTTGAAATTCACTGTTTTTAATTAATATGAGATTCTTGTTGTGTTGATACATACCAAAAAAAAAAAAAGACTAATGGTGAACTTGTGTTTTGGAATAAAATCATAAGAATGTGCCACCTAATAAAGAAAATTGAGCTTCGATATGACTACATACTCGTTTAATTTGCAAGAATGTAGCTTAGACTAGAAAATGAGCTGATTGAAGAGTAAACTGACAAAAATATGTCTAAGGAAGGTCAACATTTGTTCAAAAGAGACAAAAATCAGGATTCTTCAGTGCTACAACGACGCCATACTCATGAGTTTATGACCCATAGGGCAGAAAACATGTGGCACCACAACACTGTGATTTCAATGTGCAGAGTTTCACGTCATGTTTCAACAGCATCGCTTCCATTAGAGCCTCCTGAGTGACAATCAAGAGCCAATTTTTTAGGCAGAGGTGATAGTTTGGGGTGCTTCAAAGAGAGAGATAAAAGGTGTTAGGTTAGACGATCAAACATGCTAGATTATTAATCAAGTATGCATGGAAGTGATGGGAGATTAATAGAGATCATTGATAACGAAGGAACTTAATGATTCATCTAATTAATTAATTATTGCTTAAAAGTAAAATTAATGGTTAGGTGTTAGAAATAATTAGCCCAGGCAAGGATACATACGATATTAGATTGTAGGTCTATAGATAGCATTTAATTGTTCAAAGAATTAAACAATTAGTTTAGTTAATCCATTAATAAAGTCATTGCCTTATGATGTATTTTTGTCTAGTTTGGCCTGGTTAG

mRNA sequence

ATGAAGCTTGAATTTCAATACTCAAATTTCGGATTCAGAATGCAACAATCAAACTGGATTTCAAAATCCTCATATTGTATGGAGATCAAGTTAATAATTTGA

Coding sequence (CDS)

ATGAAGCTTGAATTTCAATACTCAAATTTCGGATTCAGAATGCAACAATCAAACTGGATTTCAAAATCCTCATATTGTATGGAGATCAAGTTAATAATTTGA

Protein sequence

MKLEFQYSNFGFRMQQSNWISKSSYCMEIKLII
Homology
[Close]
BLAST of CsaV3_2G010100 vs. NCBI nr
Match: KGN61315.1 (30S ribosomal protein S4, chloroplastic [Cucumis sativus])

HSP 1 Score: 55.8 bits (133), Expect = 3.2e-05
Identity = 25/25 (100.00%), Postives = 25/25 (100.00%), Query Frame = 0 

Query: 1  MKLEFQYSNFGFRMQQSNWISKSSY 26
          MKLEFQYSNFGFRMQQSNWISKSSY
Sbjct: 1  MKLEFQYSNFGFRMQQSNWISKSSY 25

[Close]
BLAST of CsaV3_2G010100 vs. TrEMBL
Match: tr|A0A0A0LH94|A0A0A0LH94_CUCSA (30S ribosomal protein S4, chloroplastic OS=Cucumis sativus OX=3659 GN=Csa_2G079910 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 55.8 bits (133), Expect = 2.1e-05
Identity = 25/25 (100.00%), Postives = 25/25 (100.00%), Query Frame = 0 

Query: 1  MKLEFQYSNFGFRMQQSNWISKSSY 26
          MKLEFQYSNFGFRMQQSNWISKSSY
Sbjct: 1  MKLEFQYSNFGFRMQQSNWISKSSY 25

The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of CsaV3_2G010100 vs. NCBI nr
Match NameE-valueIdentityDescription
KGN61315.13.2e-05100.0030S ribosomal protein S4, chloroplastic [Cucumis sativus][more]
BLAST of CsaV3_2G010100 vs. TAIR10
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of CsaV3_2G010100 vs. Swiss-Prot
Match NameE-valueIdentityDescription
BLAST of CsaV3_2G010100 vs. TrEMBL
Match NameE-valueIdentityDescription
tr|A0A0A0LH94|A0A0A0LH94_CUCSA2.1e-05100.0030S ribosomal protein S4, chloroplastic OS=Cucumis sativus OX=3659 GN=Csa_2G0799... [more]
GO Annotation
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
Category Term Accession Term Name
biological_process GO:0008150 biological_process
cellular_component GO:0005575 cellular_component
molecular_function GO:0003674 molecular_function
Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
CsaV3_2G010100.1CsaV3_2G010100.1mRNA


Synteny
The following gene(s) are orthologous to this gene:

None

The following gene(s) are paralogous to this gene:

None

The following block(s) are covering this gene:
GeneOrganismBlock
CsaV3_2G010100Silver-seed gourdcarcucB0519
CsaV3_2G010100Cucumber (Gy14) v2cgybcucB064
CsaV3_2G010100Cucumber (Gy14) v1cgycucB287
CsaV3_2G010100Cucurbita maxima (Rimu)cmacucB0193
CsaV3_2G010100Cucurbita maxima (Rimu)cmacucB0928
CsaV3_2G010100Cucurbita moschata (Rifu)cmocucB0177
CsaV3_2G010100Cucurbita moschata (Rifu)cmocucB0920
CsaV3_2G010100Cucurbita moschata (Rifu)cmocucB0926
CsaV3_2G010100Cucurbita pepo (Zucchini)cpecucB1005
CsaV3_2G010100Wild cucumber (PI 183967)cpicucB080
CsaV3_2G010100Bottle gourd (USVL1VR-Ls)cuclsiB108
CsaV3_2G010100Melon (DHL92) v3.5.1cucmeB138
CsaV3_2G010100Melon (DHL92) v3.5.1cucmeB141
CsaV3_2G010100Melon (DHL92) v3.5.1cucmeB144
CsaV3_2G010100Melon (DHL92) v3.6.1cucmedB134
CsaV3_2G010100Melon (DHL92) v3.6.1cucmedB131
CsaV3_2G010100Melon (DHL92) v3.6.1cucmedB137
CsaV3_2G010100Watermelon (Charleston Gray)cucwcgB119
CsaV3_2G010100Watermelon (97103) v1cucwmB167
CsaV3_2G010100Watermelon (97103) v2cucwmbB114
CsaV3_2G010100Wax gourdcucwgoB146