CsGy7G016190 (gene) Cucumber (Gy14) v2 | Cucurbit Genomics Database (CuGenDB)

Overview


Name	CsGy7G016190
Type	gene
Organism	Cucumis sativus (Cucumber (Gy14) v2)
Description	tRNA:m(4)X modification enzyme TRM13 homolog isoform X1
Location	Chr7 : 19854591 .. 19871896 (-)

Genome Viewer

Gene Expression

Sequences

The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: polypeptideCDS

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CATCATTTACTAAATTGATAAAAAATACAAATGATTAAATGTGAAACTAATTAAAAAAATTGACATGTGTCCCAAATTAAAATTGAAAACATAAATTGGCCAAGCTACATGTTTTCATTATGGACGTTGGATCAAGTTAATTATTATTTAGACCAAGTTTAATTGAGCCAAAAAAAATAAGCTCAATTTAGCTCATAGGCTATGACCCAAATCCATGTGAAATAAGCTTAAATAGGCTATGACCAAAATCCATGGATCTGGTCCATGGACTAATAAGGTTTCAGAGTATAAAGCCCACTATAGAACACTATAAATAGAGTTCTCCTTATTGCAAGGGTTGAAAATGTTTTACTCAAGAAAATCTAGAGATAATTCTCCCAAAGCTAGAAGATTTTAAGAGTCAAAAATACAATTTTTCTTTCAACATTCAAACTTCAAGAACAATACGTGCTCCGCTTCCTCAAATTAAACGTAGGCGTTCAACCAAATTCAAGAACATCATGTGCTTTGCTTCCTCAAATCAAGTGTAGACGTTCAACTAACTTCAAGAACACTACGTGCTTTACTTTCTAAAATCAAACGTAGGCATTCAACAACCTTAAAAAACATCATATGCTTCGCTTCCTCCAAATCATGCATAGACGTTCAACGAAGAGAATAAAAGGATCAAATTCTAGAGATCAAACCACATCACATTAAATCAGAATAAGTTCAACTCCACGAATCAAATTTTTTCAAAAATCTCGTGCGAACAAATTGACACGTCCAGAGAGACATCTCTACCTCTCATCTCTCTAGTCATCTAAATCTACAAGCAAACCAATGACACCAAAGAAAACTGCATCCAAATCTTTTGTTGCAAGCGACATTTACACGAGACTTGTCATCCACAGTTGTTCAAAAGGGATCATCTAGGAGCATGATCAAGGTTTTGTCATCACGCAGAGCATCCCTTTAGCAATTGATAGAATCTTCTAAAGGTAGGATCATTATCAAAGAAAATCTTTAATTTGTTCGACAACTTTATTCTTGCTTCTGATCTATCAGGGCAAAAATCACACCTTAAAGTAATGTATGTCACGATGGCTGATGTAACAGTCGAGACTGCCATTGTAGAGATGGAGAGGAAAATAAATTTTCTAATGAAAGTTGTCGAGGAGCAAGATCATGAAATTGGTAAGATCAAATGCAAATTTGTGAAACTGTTAGAGTCAATCAAACTCATATTGTCAAATCTGGGGACAAAGGAAAGAATGTGGTGCAAGAAAATCAACCACAACAACTTTTATGGGTTTCCTTCTCAGTCCAACAACTATAGTATATGATCACAAGCTGTCTCAATAGGAAATTTTGAGACCAATCACAAATTGCCACATTAATTTTGTGTAATCATTTTTGTGCATTTTCCATTCTACTTGTTAGTGTTTAATTTGAAATTCATAATTGAGATGAAGTGTTGATTGATAAGGACCACAACGATAATATTTGGATATAAAAAAGCCAAAAAAGGGGCGAGTCTTTCCTCATGCTTCTATTAGTAGGATTTTCATTAATTTTTCTCTCTCGAATTCAACATCACCATGTTAGTCAATATTTTTCTCCCCTGGTTTACTTACCTATCTTTGTAGGTATCGTTTTCATAAACTCTTTATTTGATTAATTTTTGTGTTTTCTTCCTTTATTAATTAGGGCTAGAAGTAGTTGGAACCAAATTATGCTGAACAAATTAAGAGCACACGATCAAGGCAGGAAACGTCTAATTATGAATTGGCAAGTGACTTTTCCTTGTTTAATCAATTAAATTTTTATTATGATTCTAATCATGCATTTTGGGTATCTACTTTCATCAAAATCAAATTAATATGGGTAATCCTCTTGGATTAATACACCCAGCCTCATATTCAATTATGAATTTTATTACATTAGCGATTACTAAATCCCATGGTTCACTAGTTGGGTAGTGAACGCTAATCACAGTGAAGATATTTCAGAAGTTACCGACTCAAAAACATTTTTTCAATCTAGGTAACCATTATCACGTGATCCATACAAAATCGTTACTTTTACTGTTCATATTATAGCCTTGTGGTGGATGTCAACAATTTTACAGAAATTCTGCTCAACTCCCATATCGTTGCAGTGAAAATGAAAGCGATGGGATGATTAGATGCACGGTAAACAACATTGTAAAGAGTATGAATCCAGTGGAAAGGGCAGTCCTGGGATTTATGTGCAAGGAGATTGTTGATATGAGAAGACTAATGTGGCTGAAGGAATGTGGATTGGAAACACAGCTTGTTAAGTAG

mRNA sequence

ATGGTTGGAAATGATTTTGATATGAAAACGAAAGACATCCGAAAACTTCCTTGTGGTGGATGTCAACAATTTTACAGAAATTCTGCTCAACTCCCATATCGTTGCAGTGAAAATGAAAGCGATGGGATGATTAGATGCACGGTAAACAACATTGTAAAGAGTATGAATCCAGTGGAAAGGGCAGTCCTGGGATTTATGTGCAAGGAGATTGTTGATATGAGAAGACTAATGTGGCTGAAGGAATGTGGATTGGAAACACAGCTTGTTAAGTAG

Coding sequence (CDS)

ATGGTTGGAAATGATTTTGATATGAAAACGAAAGACATCCGAAAACTTCCTTGTGGTGGATGTCAACAATTTTACAGAAATTCTGCTCAACTCCCATATCGTTGCAGTGAAAATGAAAGCGATGGGATGATTAGATGCACGGTAAACAACATTGTAAAGAGTATGAATCCAGTGGAAAGGGCAGTCCTGGGATTTATGTGCAAGGAGATTGTTGATATGAGAAGACTAATGTGGCTGAAGGAATGTGGATTGGAAACACAGCTTGTTAAGTAG

Protein sequence

MVGNDFDMKTKDIRKLPCGGCQQFYRNSAQLPYRCSENESDGMIRCTVNNIVKSMNPVERAVLGFMCKEIVDMRRLMWLKECGLETQLVK

Homology

[Close]

BLAST of CsGy7G016190 vs. NCBI nr
Match: XP_008461388.1 (PREDICTED: tRNA:m(4)X modification enzyme TRM13 homolog isoform X1 [Cucumis melo])

HSP 1 Score: 105.1 bits (261), Expect = 1.2e-19
Identity = 50/55 (90.91%), Postives = 52/55 (94.55%), Query Frame = 0


Query: 36  SENESDGMIRCTVNNIVKSMNPVERAVLGFMCKEIVDMRRLMWLKECGLETQLVK 91
           SENESDGMI CTV+ IVKSMNPVERAVLGFMCKEI+DM RLMWLKECGLETQLVK
Sbjct: 380 SENESDGMIGCTVDEIVKSMNPVERAVLGFMCKEIIDMGRLMWLKECGLETQLVK 434

[Close]

BLAST of CsGy7G016190 vs. NCBI nr
Match: XP_008461389.1 (PREDICTED: tRNA:m(4)X modification enzyme TRM13 homolog isoform X3 [Cucumis melo])

HSP 1 Score: 105.1 bits (261), Expect = 1.2e-19
Identity = 50/55 (90.91%), Postives = 52/55 (94.55%), Query Frame = 0


Query: 36  SENESDGMIRCTVNNIVKSMNPVERAVLGFMCKEIVDMRRLMWLKECGLETQLVK 91
           SENESDGMI CTV+ IVKSMNPVERAVLGFMCKEI+DM RLMWLKECGLETQLVK
Sbjct: 293 SENESDGMIGCTVDEIVKSMNPVERAVLGFMCKEIIDMGRLMWLKECGLETQLVK 347

[Close]

BLAST of CsGy7G016190 vs. NCBI nr
Match: XP_004135966.1 (PREDICTED: tRNA:m(4)X modification enzyme TRM13 homolog isoform X1 [Cucumis sativus] >KGN45062.1 hypothetical protein Csa_7G419580 [Cucumis sativus])

HSP 1 Score: 104.0 bits (258), Expect = 2.7e-19
Identity = 49/58 (84.48%), Postives = 53/58 (91.38%), Query Frame = 0


Query: 33  YRCSENESDGMIRCTVNNIVKSMNPVERAVLGFMCKEIVDMRRLMWLKECGLETQLVK 91
           ++ SENESDGMI C V +IVKSMNPVERAVLGFMCKEI+DM RLMWLKECGLETQLVK
Sbjct: 377 FQSSENESDGMIGCMVKDIVKSMNPVERAVLGFMCKEIIDMGRLMWLKECGLETQLVK 434

[Close]

BLAST of CsGy7G016190 vs. NCBI nr
Match: XP_011659414.1 (PREDICTED: tRNA:m(4)X modification enzyme TRM13 homolog isoform X2 [Cucumis sativus])

HSP 1 Score: 104.0 bits (258), Expect = 2.7e-19
Identity = 49/58 (84.48%), Postives = 53/58 (91.38%), Query Frame = 0


Query: 33  YRCSENESDGMIRCTVNNIVKSMNPVERAVLGFMCKEIVDMRRLMWLKECGLETQLVK 91
           ++ SENESDGMI C V +IVKSMNPVERAVLGFMCKEI+DM RLMWLKECGLETQLVK
Sbjct: 290 FQSSENESDGMIGCMVKDIVKSMNPVERAVLGFMCKEIIDMGRLMWLKECGLETQLVK 347

[Close]

BLAST of CsGy7G016190 vs. NCBI nr
Match: XP_016902647.1 (PREDICTED: tRNA:m(4)X modification enzyme TRM13 homolog isoform X2 [Cucumis melo])

HSP 1 Score: 103.2 bits (256), Expect = 4.7e-19
Identity = 49/54 (90.74%), Postives = 51/54 (94.44%), Query Frame = 0


Query: 36  SENESDGMIRCTVNNIVKSMNPVERAVLGFMCKEIVDMRRLMWLKECGLETQLV 90
           SENESDGMI CTV+ IVKSMNPVERAVLGFMCKEI+DM RLMWLKECGLETQLV
Sbjct: 380 SENESDGMIGCTVDEIVKSMNPVERAVLGFMCKEIIDMGRLMWLKECGLETQLV 433

[Close]

BLAST of CsGy7G016190 vs. TAIR10
Match: AT4G01880.1 (methyltransferases)

HSP 1 Score: 58.5 bits (140), Expect = 2.4e-09
Identity = 27/59 (45.76%), Postives = 41/59 (69.49%), Query Frame = 0


Query: 36  SENESDGMIR----CTVNNIVKSMNPVERAVLGFMCKEIVDMRRLMWLKECGLETQLVK 91
           ++ E +G +R     +V  +VK M P+ERAVLGF CK+I+D  R+ W+K+ GL ++LVK
Sbjct: 372 AKEEEEGEVRDASLISVEEVVKKMKPMERAVLGFKCKQIIDAGRMKWVKKHGLNSKLVK 430

[Close]

BLAST of CsGy7G016190 vs. TrEMBL
Match: tr|A0A1S3CFX2|A0A1S3CFX2_CUCME (tRNA:m(4)X modification enzyme TRM13 homolog isoform X3 OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC103499984 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 105.1 bits (261), Expect = 8.1e-20
Identity = 50/55 (90.91%), Postives = 52/55 (94.55%), Query Frame = 0


Query: 36  SENESDGMIRCTVNNIVKSMNPVERAVLGFMCKEIVDMRRLMWLKECGLETQLVK 91
           SENESDGMI CTV+ IVKSMNPVERAVLGFMCKEI+DM RLMWLKECGLETQLVK
Sbjct: 293 SENESDGMIGCTVDEIVKSMNPVERAVLGFMCKEIIDMGRLMWLKECGLETQLVK 347

[Close]

BLAST of CsGy7G016190 vs. TrEMBL
Match: tr|A0A1S3CF14|A0A1S3CF14_CUCME (tRNA:m(4)X modification enzyme TRM13 homolog isoform X1 OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC103499984 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 105.1 bits (261), Expect = 8.1e-20
Identity = 50/55 (90.91%), Postives = 52/55 (94.55%), Query Frame = 0


Query: 36  SENESDGMIRCTVNNIVKSMNPVERAVLGFMCKEIVDMRRLMWLKECGLETQLVK 91
           SENESDGMI CTV+ IVKSMNPVERAVLGFMCKEI+DM RLMWLKECGLETQLVK
Sbjct: 380 SENESDGMIGCTVDEIVKSMNPVERAVLGFMCKEIIDMGRLMWLKECGLETQLVK 434

[Close]

BLAST of CsGy7G016190 vs. TrEMBL
Match: tr|A0A0A0K9L5|A0A0A0K9L5_CUCSA (Uncharacterized protein OS=Cucumis sativus OX=3659 GN=Csa_7G419580 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 104.0 bits (258), Expect = 1.8e-19
Identity = 49/58 (84.48%), Postives = 53/58 (91.38%), Query Frame = 0


Query: 33  YRCSENESDGMIRCTVNNIVKSMNPVERAVLGFMCKEIVDMRRLMWLKECGLETQLVK 91
           ++ SENESDGMI C V +IVKSMNPVERAVLGFMCKEI+DM RLMWLKECGLETQLVK
Sbjct: 377 FQSSENESDGMIGCMVKDIVKSMNPVERAVLGFMCKEIIDMGRLMWLKECGLETQLVK 434

[Close]

BLAST of CsGy7G016190 vs. TrEMBL
Match: tr|A0A1S4E343|A0A1S4E343_CUCME (tRNA:m(4)X modification enzyme TRM13 homolog isoform X2 OS=Cucumis melo OX=3656 GN=LOC103499984 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 103.2 bits (256), Expect = 3.1e-19
Identity = 49/54 (90.74%), Postives = 51/54 (94.44%), Query Frame = 0


Query: 36  SENESDGMIRCTVNNIVKSMNPVERAVLGFMCKEIVDMRRLMWLKECGLETQLV 90
           SENESDGMI CTV+ IVKSMNPVERAVLGFMCKEI+DM RLMWLKECGLETQLV
Sbjct: 380 SENESDGMIGCTVDEIVKSMNPVERAVLGFMCKEIIDMGRLMWLKECGLETQLV 433

[Close]

BLAST of CsGy7G016190 vs. TrEMBL
Match: tr|A0A2N9HD87|A0A2N9HD87_FAGSY (Uncharacterized protein OS=Fagus sylvatica OX=28930 GN=FSB_LOCUS40198 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 74.3 bits (181), Expect = 1.5e-10
Identity = 36/54 (66.67%), Postives = 43/54 (79.63%), Query Frame = 0


Query: 37  ENESDGMIRCTVNNIVKSMNPVERAVLGFMCKEIVDMRRLMWLKECGLETQLVK 91
           EN+  G     V +IV++M  VERAVLGFMCK+I+DM RLMW+KECGLETQLVK
Sbjct: 448 ENKECGGDAGGVEDIVRNMKAVERAVLGFMCKQIIDMGRLMWVKECGLETQLVK 501

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of CsGy7G016190 vs. NCBI nr


Match Name	E-value	Identity	Description
XP_008461388.1	1.2e-19	90.91	PREDICTED: tRNA:m(4)X modification enzyme TRM13 homolog isoform X1 [Cucumis melo...	[more]
XP_008461389.1	1.2e-19	90.91	PREDICTED: tRNA:m(4)X modification enzyme TRM13 homolog isoform X3 [Cucumis melo...	[more]
XP_004135966.1	2.7e-19	84.48	PREDICTED: tRNA:m(4)X modification enzyme TRM13 homolog isoform X1 [Cucumis sati...	[more]
XP_011659414.1	2.7e-19	84.48	PREDICTED: tRNA:m(4)X modification enzyme TRM13 homolog isoform X2 [Cucumis sati...	[more]
XP_016902647.1	4.7e-19	90.74	PREDICTED: tRNA:m(4)X modification enzyme TRM13 homolog isoform X2 [Cucumis melo...	[more]

BLAST of CsGy7G016190 vs. TAIR10


Match Name	E-value	Identity	Description
AT4G01880.1	2.4e-09	45.76	methyltransferases	[more]

BLAST of CsGy7G016190 vs. Swiss-Prot


Match Name	E-value	Identity	Description

BLAST of CsGy7G016190 vs. TrEMBL


Match Name	E-value	Identity	Description
tr\|A0A1S3CFX2\|A0A1S3CFX2_CUCME	8.1e-20	90.91	tRNA:m(4)X modification enzyme TRM13 homolog isoform X3 OS=Cucumis melo OX=3656 ...	[more]
tr\|A0A1S3CF14\|A0A1S3CF14_CUCME	8.1e-20	90.91	tRNA:m(4)X modification enzyme TRM13 homolog isoform X1 OS=Cucumis melo OX=3656 ...	[more]
tr\|A0A0A0K9L5\|A0A0A0K9L5_CUCSA	1.8e-19	84.48	Uncharacterized protein OS=Cucumis sativus OX=3659 GN=Csa_7G419580 PE=4 SV=1	[more]
tr\|A0A1S4E343\|A0A1S4E343_CUCME	3.1e-19	90.74	tRNA:m(4)X modification enzyme TRM13 homolog isoform X2 OS=Cucumis melo OX=3656 ...	[more]
tr\|A0A2N9HD87\|A0A2N9HD87_FAGSY	1.5e-10	66.67	Uncharacterized protein OS=Fagus sylvatica OX=28930 GN=FSB_LOCUS40198 PE=4 SV=1	[more]

Annotated Terms

The following terms have been associated with this gene:

Vocabulary: **Molecular Function**
Term	Definition
GO:0008168	methyltransferase activity

Vocabulary: **Biological Process**
Term	Definition
GO:0008033	tRNA processing

Vocabulary: **INTERPRO**
Term	Definition
IPR007871	Methyltransferase_TRM13

GO Annotation

GO Assignments

This gene is annotated with the following GO terms.

Category	Term Accession	Term Name
biological_process	GO:0032259	methylation
biological_process	GO:0008033	tRNA processing
cellular_component	GO:0005575	cellular_component
molecular_function	GO:0008168	methyltransferase activity

Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:


Feature Name	Unique Name	Type
CsGy7G016190.1	CsGy7G016190.1	mRNA

InterPro

Analysis Name: InterPro Annotations of cucumber Gy14 genome (v2)
Date Performed: 2018-09-25


IPR Term	IPR Description	Source	Source Term	Source Description	Alignment
IPR007871	Methyltransferase TRM13	PFAM	PF05206	TRM13	coord: 36..90 e-value: 3.2E-8 score: 33.3

Synteny

The following gene(s) are orthologous to this gene:

None

The following gene(s) are paralogous to this gene:

None

The following block(s) are covering this gene:


Gene	Organism	Block
CsGy7G016190	Cucumber (Gy14) v2	cgybcgybB134
CsGy7G016190	Cucurbita maxima (Rimu)	cgybcmaB925
CsGy7G016190	Cucurbita maxima (Rimu)	cgybcmaB973
CsGy7G016190	Cucurbita moschata (Rifu)	cgybcmoB909
CsGy7G016190	Cucurbita moschata (Rifu)	cgybcmoB955
CsGy7G016190	Cucurbita pepo (Zucchini)	cgybcpeB906
CsGy7G016190	Cucurbita pepo (Zucchini)	cgybcpeB931
CsGy7G016190	Cucumber (Chinese Long) v2	cgybcuB323
CsGy7G016190	Bottle gourd (USVL1VR-Ls)	cgyblsiB472
CsGy7G016190	Melon (DHL92) v3.5.1	cgybmeB470
CsGy7G016190	Melon (DHL92) v3.5.1	cgybmeB501
CsGy7G016190	Melon (DHL92) v3.6.1	cgybmedB467
CsGy7G016190	Melon (DHL92) v3.6.1	cgybmedB497
CsGy7G016190	Watermelon (Charleston Gray)	cgybwcgB486
CsGy7G016190	Watermelon (Charleston Gray)	cgybwcgB492
CsGy7G016190	Watermelon (97103) v1	cgybwmB537
CsGy7G016190	Watermelon (97103) v1	cgybwmB530
CsGy7G016190	Wild cucumber (PI 183967)	cgybcpiB331
CsGy7G016190	Silver-seed gourd	carcgybB0120
CsGy7G016190	Silver-seed gourd	carcgybB0569
CsGy7G016190	Silver-seed gourd	carcgybB0807
CsGy7G016190	Cucumber (Chinese Long) v3	cgybcucB336
CsGy7G016190	Cucumber (Chinese Long) v3	cgybcucB347
CsGy7G016190	Watermelon (97103) v2	cgybwmbB490
CsGy7G016190	Watermelon (97103) v2	cgybwmbB536
CsGy7G016190	Watermelon (97103) v2	cgybwmbB543
CsGy7G016190	Wax gourd	cgybwgoB618
CsGy7G016190	Wax gourd	cgybwgoB626
CsGy7G016190	Wax gourd	cgybwgoB660