CmoCh18G004470 (gene) Cucurbita moschata (Rifu)

NameCmoCh18G004470
Typegene
OrganismCucurbita moschata (Cucurbita moschata (Rifu))
DescriptionBinding protein
LocationCmo_Chr18 : 2954523 .. 2959586 (+)
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: exonfive_prime_UTRCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
TTTCAATCCAACCAACCACCACCACCCACCGTCATGAACTCCACCGCCCTCCTCCACCGTGGAATCGCCCCAACACCGCCACTCCCGTTGTCGTTCCGACGCAACGTGTCTTCTTCCGTTCACCTCGTCCCTAACGAGGCCGTTAACAAGCACGACGCTCGGAGGTGTACTAATAATGGCATCAAAATAGTGTGTCACGTATTTAACCCAAAGGAGCCGTCCAGTTCTCATAACGATGGCTTTCCTTTATTAAACACCAAAGAGGCTATGCAGTCACTGCTGTGCCTCCCTTTGGATGCGGCGGCGGAGGGTGAAACCAAAGACATAAGTGCAAACAAGGTGAGTTTTAGTTTATACTTTGGATGGTGAAAGGCCCACATCGGCTAATTTACCGAATGATCAAGGGTTTATAAACAAAGAATACACTCTTTGTTAGTATGAGTCCTTTTGGAGAAGTCCAAAGCAAAGCCATGAGAGCTTATGTTCAAAGTGGACAATATCATACCATTATAGAGAGTCGTGTTCGTCTAATATGGTATCAGAGTCATGCTCTATATTTAGTCGTGCATATTGGTAAATCTTCGAATGTTGAACAATCCAAAATAAAAAGGAGTCAAGCCTCCTCGGAGGCAGTAAAAAATGACTAAGACTCCAAAGAAGTCGAGTCTCGATTAAGGGGAGTCGTACTTTGTTCGAGGAGAGGTGTTGGATGATGAAAGTCCCACATCAGCTAATTTAAGGAATGATTATGAGTTTATAAACAAAGAATACACTCTTCATTGGTACGAGGCCTTTTGGGGAAATCCAAAGGAAAGCCATGAGAGCTTATGTTTAAAGTGGACAATATCATACTATTGTGGAGAGTCGCGTTCGTCTAACACTTTCAACTATGTTTAGGTTTGATTATAAGTTTGAGGGTTTATTGTTTGTGGCAGAGAAAAGCTTTACAGGCATTGTTGGCTAATAATCCTTCAGGGGCTGAGAAGATAATGAAGAATGTGCTTCAAACATACGAAAAGGACAATATGCAGACTAAATATGAAGCTATCTTGGCAACAGTCGTAATTCTCATCCACACGGTATTTTCTCTGGAGTATACACGAGTTGGATTGGATTGGGTCGAGTTGAAATTGTTTTAAAATTTCACTTATCGATACATATTAGGTTGATAATTAGTTCAATTATTAAAGTCAGAATTGAGTTCCTTTGAGTTTTGTTGTTATTCTGTTTTTGGATTGATAGAAGATTTGAATTTTTTGTTTTTCAAAAATTTAATTGTGAGAGTGGAGGTCGATTGGAGAGGGGAATAAATACATTCTTTGTAAGGGTGTGGAAACTTGTATCTAGGAGATGGTTTTAAAAAACTTGAGGGGAAACCCAAAAGAAAAAATCCAAAGAGGACAAATATTTGTTGGCGGGAGGTTGGACTGTTACAAATGGTATTAGAGCTAGACATTTAGCGGTGTGCCAGTGAGGATGTTGAGCCCTAAAGGGGGGTGGACCCCGCCATAGTGTGCCAGCGAGGACGTTGAGCCCCTTAGGAGGGTGGACACTAGGTAGTGTGCCAGCGAGGACGCTAAGCCCCTTAGGAAGGTGGACACTGGGCAGTGTGCCAGCAAGGATGCTGAGCTTCGTTGGGGGTAGACATTAGGCGGTTTGCCAGCAAGGACACTAAGCCTCGAAGGGGGGTGGACACCAAGCGGTGTGCCATCGAGGATGCTAAGGCTCGTTGGGGGTGGACATCAGACGGTGTGCCAATGAGGATTCTAAGGCTCATAGGGGGTGAACAACGGGCGATATACCAACGATGATGTTGAGTCTCGAAAGGGGTGAACACCGAGCGGTATACCAACGAAGACGCTGAGCTCCGTAGGGGGGTGAACACGGGGTAGTGTGCCAGTGTGGATGTTGAGCCTCGTAAGGTGGACACCAAGCAGTGTGCCAACGAGGATTCTAAGGCTCATAGGGGGTGGACAACGGGCAGTATACCAGCAATGACATTGAGCCTCGGAAGGGGTGGACACCGCTGTTGAGCCCCAAAGGGAGTGGACACCAAGCGGTGTACCAGCGAAGACGCTGAGCTCCGTAGGGGGGTGAACACCAGGTAGTGTGCCAACGTGGATGTTGAACCACGTAAATGGTGGACATCAGATGGTGTACCAACAAGGACATTGAGCCACATAAAAGATGGACACTAAACAGTGTACCAGCGAAGGCGTTGAGCCACAGAAGAGAGTGGACAATGCTTTATTTTTCAAAATTGATCATGTATAAACACTTTTTGAAAAAAAAAATCAATAATTTAATGTTAGTTAATAATAGTTTATATTTGTTAATTTAGATCATAAAAGTGGGTTTTTGAGAAAATATTGATAAAAAGTAAAAAATAATATATATATATATATATATATAAAATTAAAAAAATTATTATTTTAATATAGGGAGGAAGAGAAAGCTTGGGTGATGCTATTCACCATCTGAACAAAATAGAAGAGTGGGACAATAAGCCAAGTGATGTAAAGCGTATCCTTTATCGGGTAAGCTATTTGATCTTAATACTTTTTATTTTTATTTAAATAATACTTTCATTTTAAAATATCTTTTATTTTTTATTTTGACTTTTGATTATTTAATCTTTATTTATAATAAAAATGGGTTAAAATAAACTATTGCCAAGAAATTTATTTAATCTCATGTTTTTAAATTCAAATTGTAAAAAATAATAATAATATTATTATTAAATAAAATTGAAAAAAAGCATCAACTAATATTGATATATATAAATCATTTCAATGTTGTTTTTTTTTTCTCTTTAAATTGATGAAATTAACTATATTACAACTTTTAAATTTTTTATATTTTAATAAATATTTAATATTTTTAGTAAGAATAAAATTAAAAAATTTTAAATGACGATTATAGTCCTATCTTTTTTTTTTCTTCTATAATAAATTTATATAAAAAAAAACTTTAAATTACAAGTTCAAACATTAAATTTTTAAAATTATATGTCCAAATGAGTTTGAATTTTTCTAATAAATGTCTAATGGATTGAGTACAAATAATATAAAAAAAAAAGAAAGTATATTTCAATTTTAACCTTTTATTTGTAAATTAAAGTTTAATCTTTTGAATTTTTTAATAAATATCAAATATTTTCCATTAAGAATAAAATTTAAAATTTTAAAAGTATATTTCAGAAGTGAAATGACAATCATAGCCTTCCCGTTTCCTTCCTTAGTTGTGTGTTAATTTTTTTTTAATATATGTCTAATAGATTTTGGTATGAATAATACCAAGAGTTTAAAAAGTGTATTTCATAAGTAAAATGACAATTTTAACTTTTTATTTTTCGTTATTATAGCAACTAATTAAAATATAGTAAATTATAAGTTTAAACTTTAAATTTTTTAATAAATGTCTAATAAATTTAAAAAGTATATTTTATAAGTAAAATTATAATTTTAGCCTTTTATTTTTCGTTATTATAGCAACTAATTAAAATAGAGTAAATTACTAAGTTTAACCTTTAATTTTTTAATAAATATCTAATAAATTAAAAAAAAAAAGTATATTTCATGAGTAAAATTACAATTTTAGCCTTTTATTTTTCGTTATTATAGCAACTAATTAAAATATAGTAAATTACTAAGTTTAACCATTAATTTTTTAATAAATATCTAATAAATTAAAAAAAATATATATTTCATAAGTAAAATTACAATTTTAGCCTTTTATTTTTCGTTATTATAGCAACTAATTAAAATATAGTAAATTACTAAGTTTAACCATTAATTTTTTAATAAATATCTAATAAATTAAAAAAATATATATTTCATAAGTAAAATTACAATTTTATCCTTTTATTTTTCGTTATTATAGCAACTAATTAAAATATAGTAAATTACTAAGTTTAACCATTAATTTTTTAATAAATATCTAATAAATTAAAAAAATTAAAATATAGTAAATTACTAAGTTTAACCATTAATTTTTTAATAAATATCTAATAAATTAAAAAAATATATATTTCATAAGTAAAATTACAATTTTATCCTTTTATTTTTCGTTATTATAGCAACTAATTAAAATATAGTAAATTACTAAGTTTAACAATTTTATCCTTTTATTTTTCGTTATTATAGCAACTAATTAAAATATAGTAAATTACTAAGTTTAACCATTTTATCCTTTTATTTTTCGTTATTATAGCAACTAATTAAAATATAGTAAATTACTAAGTTTAACCTTTAATTTTTTAATAAATATCTAATAAATTAAAAAAATAAAAATATAGTAAATTACTAAGTTTAACCTTTAATTTTTTAATAAATATCTAATAAATTAAAAAAATATATATTTCATAAGTAAAATTACAATTTTATCCTTTTATTTTTCGTTATTATAGCAACTAATTAAAATATAGTAAATTACTAAGTTTAACCTTTAATTTTTTAATAAATATCTAATAAATTAAAAAAATAAAAAGTATATTTCATAATAAAATTACAATTTTAGCCTTTTATTTTTCGTTATTATAGCAACTAATTAAAATATAGTAAATTACTAAGTTTAACCTTTAATTTTTTAATAAATATCTAATAAATTAAAAAAAAAAAGTATATTTCATAATAAAATTACAATTTTAGCCTTATATTTTTTATTATTATAACAACTAATTAAAATATAGTAAATTACTAAGTTTAACCTTTAAATTTTTAATAAATATCTAATAAATGAAAAAAAAAAAGTATATTTCATAAGTAAAATAAAAAGTATATTTTATAAGTAAAATGACAATTTTAACCTTTTATTTTTCATTATTATAACAACTAATTAAAATATTAAATTTAAAAAAAAATAGTATATTTGATAAGTGAAATGACAATTTTAGCCTTATTTTTCTTCTTTCTATAATAATTTTATAATTAAGTAATAATTTGATGCAGGCTGTTATATATACCTTATTGGACTGCGATTCTGAGGCTAAAACTAATTGGAAAACTTTCTCAGACCAAATCGGCAAGGGCCCAAAACCGAGGTGATAACATTACATCGGGGGAA

mRNA sequence

TTTCAATCCAACCAACCACCACCACCCACCGTCATGAACTCCACCGCCCTCCTCCACCGTGGAATCGCCCCAACACCGCCACTCCCGTTGTCGTTCCGACGCAACGTGTCTTCTTCCGTTCACCTCGTCCCTAACGAGGCCGTTAACAAGCACGACGCTCGGAGGTGTACTAATAATGGCATCAAAATAGTGTGTCACGTATTTAACCCAAAGGAGCCGTCCAGTTCTCATAACGATGGCTTTCCTTTATTAAACACCAAAGAGGCTATGCAGTCACTGCTGTGCCTCCCTTTGGATGCGGCGGCGGAGGGTGAAACCAAAGACATAAGTGCAAACAAGAGAAAAGCTTTACAGGCATTGTTGGCTAATAATCCTTCAGGGGCTGAGAAGATAATGAAGAATGTGCTTCAAACATACGAAAAGGACAATATGCAGACTAAATATGAAGCTATCTTGGCAACAGTCGTAATTCTCATCCACACGGGAGGAAGAGAAAGCTTGGGTGATGCTATTCACCATCTGAACAAAATAGAAGAGTGGGACAATAAGCCAAGTGATGTAAAGCGTATCCTTTATCGGGCTGTTATATATACCTTATTGGACTGCGATTCTGAGGCTAAAACTAATTGGAAAACTTTCTCAGACCAAATCGGCAAGGGCCCAAAACCGAGGTGATAACATTACATCGGGGGAA

Coding sequence (CDS)

ATGAACTCCACCGCCCTCCTCCACCGTGGAATCGCCCCAACACCGCCACTCCCGTTGTCGTTCCGACGCAACGTGTCTTCTTCCGTTCACCTCGTCCCTAACGAGGCCGTTAACAAGCACGACGCTCGGAGGTGTACTAATAATGGCATCAAAATAGTGTGTCACGTATTTAACCCAAAGGAGCCGTCCAGTTCTCATAACGATGGCTTTCCTTTATTAAACACCAAAGAGGCTATGCAGTCACTGCTGTGCCTCCCTTTGGATGCGGCGGCGGAGGGTGAAACCAAAGACATAAGTGCAAACAAGAGAAAAGCTTTACAGGCATTGTTGGCTAATAATCCTTCAGGGGCTGAGAAGATAATGAAGAATGTGCTTCAAACATACGAAAAGGACAATATGCAGACTAAATATGAAGCTATCTTGGCAACAGTCGTAATTCTCATCCACACGGGAGGAAGAGAAAGCTTGGGTGATGCTATTCACCATCTGAACAAAATAGAAGAGTGGGACAATAAGCCAAGTGATGTAAAGCGTATCCTTTATCGGGCTGTTATATATACCTTATTGGACTGCGATTCTGAGGCTAAAACTAATTGGAAAACTTTCTCAGACCAAATCGGCAAGGGCCCAAAACCGAGGTGA
BLAST of CmoCh18G004470 vs. TrEMBL
Match: A0A0A0LXK7_CUCSA (Uncharacterized protein OS=Cucumis sativus GN=Csa_1G441330 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 124.8 bits (312), Expect = 1.3e-25
Identity = 87/234 (37.18%), Postives = 121/234 (51.71%), Query Frame = 1

Query: 1   MNSTALLHRGIA--PTPPLPLSF---------------RRNVSSSVHLVPNEAVNKHDAR 60
           M+STA+LHRG +  P PPLP +                  N  SSVHL+  ++ + +++R
Sbjct: 1   MDSTAVLHRGFSAPPRPPLPTTTPSSVLRPQLALFTFPSNNALSSVHLLLKKSNDNYNSR 60

Query: 61  ----RCTNNGIKIVCHVFNPKEPSSSHNDG--FPLLNTKEAMQSLLCLPLDAAAEGETKD 120
                  NN I I C   +   PS S NDG  FP+ N + A++SLLC    +     T  
Sbjct: 61  YGSLNKNNNVIDIQCTNLSTSVPSGS-NDGRNFPVANARLALKSLLCFSYSSKKADHTNF 120

Query: 121 ISANKRKALQALLANNPSGAEKIMKNVLQTYEKD-NMQTKYEAILATVVILIHTGGRESL 180
           ++  KRKAL ALL  NP  AEKI+K V   Y  + N Q +YEA +A + ILIH G  ESL
Sbjct: 121 LNNQKRKALLALLDQNPKEAEKIIKIVESKYRNNSNKQIQYEAKMAIIQILIHMGTPESL 180

Query: 181 GDAIHHLNKIEEWDNKPSDVKRILYRAVIYTLLDCDSEAKTNWKTFSDQIGKGP 211
             A+   ++I   + +PSD    LY AVI TL+  +     +WK + + I   P
Sbjct: 181 RWAVKKYSEITNMEERPSDATIFLYNAVIRTLIGDNKNIADHWKAYVNVITSDP 233

BLAST of CmoCh18G004470 vs. TAIR10
Match: AT2G34540.2 (AT2G34540.2 unknown protein)

HSP 1 Score: 50.4 bits (119), Expect = 1.5e-06
Identity = 35/116 (30.17%), Postives = 63/116 (54.31%), Query Frame = 1

Query: 97  DISANKRKALQALLANNPSGAEKIMKNVLQTYEKDNMQTKYEAILATVVILIHTGGRESL 156
           DI + K +A++ +       A +++++    Y ++  +  +   +A V ILI     E  
Sbjct: 173 DIDSIKMEAVRKMKEGKCEEAVQLLRDANMRY-RNEPEANFNVQMALVEILILL---ERY 232

Query: 157 GDAIHHLNKIEEWDNKPSDVKRILYRAVIYTLLDCDSEAKTNWKTFSDQIGKGPKP 213
            +A  + + + + + + SDV+  LY+A+IYT+LD D+EAK  WK F   IG+G  P
Sbjct: 233 QEAAEY-SCLNDENAQISDVRIPLYKAIIYTMLDKDTEAKQCWKEFRKSIGEGFDP 283

BLAST of CmoCh18G004470 vs. NCBI nr
Match: gi|778660954|ref|XP_004151210.2| (PREDICTED: uncharacterized protein LOC101202955 [Cucumis sativus])

HSP 1 Score: 124.8 bits (312), Expect = 1.8e-25
Identity = 87/234 (37.18%), Postives = 121/234 (51.71%), Query Frame = 1

Query: 1   MNSTALLHRGIA--PTPPLPLSF---------------RRNVSSSVHLVPNEAVNKHDAR 60
           M+STA+LHRG +  P PPLP +                  N  SSVHL+  ++ + +++R
Sbjct: 1   MDSTAVLHRGFSAPPRPPLPTTTPSSVLRPQLALFTFPSNNALSSVHLLLKKSNDNYNSR 60

Query: 61  ----RCTNNGIKIVCHVFNPKEPSSSHNDG--FPLLNTKEAMQSLLCLPLDAAAEGETKD 120
                  NN I I C   +   PS S NDG  FP+ N + A++SLLC    +     T  
Sbjct: 61  YGSLNKNNNVIDIQCTNLSTSVPSGS-NDGRNFPVANARLALKSLLCFSYSSKKADHTNF 120

Query: 121 ISANKRKALQALLANNPSGAEKIMKNVLQTYEKD-NMQTKYEAILATVVILIHTGGRESL 180
           ++  KRKAL ALL  NP  AEKI+K V   Y  + N Q +YEA +A + ILIH G  ESL
Sbjct: 121 LNNQKRKALLALLDQNPKEAEKIIKIVESKYRNNSNKQIQYEAKMAIIQILIHMGTPESL 180

Query: 181 GDAIHHLNKIEEWDNKPSDVKRILYRAVIYTLLDCDSEAKTNWKTFSDQIGKGP 211
             A+   ++I   + +PSD    LY AVI TL+  +     +WK + + I   P
Sbjct: 181 RWAVKKYSEITNMEERPSDATIFLYNAVIRTLIGDNKNIADHWKAYVNVITSDP 233

BLAST of CmoCh18G004470 vs. NCBI nr
Match: gi|659068418|ref|XP_008444310.1| (PREDICTED: uncharacterized protein LOC103487676 [Cucumis melo])

HSP 1 Score: 96.3 bits (238), Expect = 6.9e-17
Identity = 87/240 (36.25%), Postives = 122/240 (50.83%), Query Frame = 1

Query: 1   MNSTALLHRGI--APTPPLP--------------LSFRRNVSSSVHLVPNEA----VNKH 60
           M+STA+LHRG   AP P LP              L+FR NVSS VHL+  ++    +N++
Sbjct: 1   MDSTAVLHRGFSAAPQPRLPTTRPSVAGRQLLPLLTFRCNVSS-VHLLVKKSNDNCINRY 60

Query: 61  DAR---RCTNNGIKIVCHVFNPKEPSSSHNDG-FPLLNTKEAMQSLLCL-PLDAAAEGET 120
            +R   +  NNGI  +      + P    +D  FP  N + A+QSLLC  P D   + +T
Sbjct: 61  GSRLNKKNNNNGIIDIQCGRESEIPWGDKDDANFPSPNARLALQSLLCFSPKD---DTDT 120

Query: 121 KDISANKRKALQALLANNPSG----AEKIMKNVLQTYEKD-NMQTKYEAILATVVILIHT 180
             I+  K  ALQALL   P+     A +IM  V + Y  D N   +YEA +A + ILIH 
Sbjct: 121 NTIAKAKISALQALLNKRPNEKRDRATEIMNKVYEKYRNDRNKYIQYEAKMAFIQILIHV 180

Query: 181 GGRESLGDAIHHLNKIEEWDNKPSDVKRILYRAVIYTLLDCDSEAKTNWKTFSDQIGKGP 211
           G  +S   A   L ++E+   +PSD    LY+AVI TLL   S  K +W  +++     P
Sbjct: 181 GTNKSWSRAHEVLREVEK-QERPSDATFHLYKAVISTLLRAQS-PKVHWDNYTNLFDDDP 234

The following BLAST results are available for this feature:
Match NameE-valueIdentityDescription
Match NameE-valueIdentityDescription
A0A0A0LXK7_CUCSA1.3e-2537.18Uncharacterized protein OS=Cucumis sativus GN=Csa_1G441330 PE=4 SV=1[more]
Match NameE-valueIdentityDescription
AT2G34540.21.5e-0630.17 unknown protein[more]
Match NameE-valueIdentityDescription
gi|778660954|ref|XP_004151210.2|1.8e-2537.18PREDICTED: uncharacterized protein LOC101202955 [Cucumis sativus][more]
gi|659068418|ref|XP_008444310.1|6.9e-1736.25PREDICTED: uncharacterized protein LOC103487676 [Cucumis melo][more]
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
Category Term Accession Term Name
biological_process GO:0008150 biological_process
cellular_component GO:0005575 cellular_component
molecular_function GO:0003674 molecular_function
molecular_function GO:0005515 protein binding

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
CmoCh18G004470.1CmoCh18G004470.1mRNA


The following gene(s) are paralogous to this gene:

None