CmaCh09G011080 (gene) Cucurbita maxima (Rimu)

NameCmaCh09G011080
Typegene
OrganismCucurbita maxima (Cucurbita maxima (Rimu))
DescriptionUnknown protein
LocationCma_Chr09 : 6066241 .. 6066861 (+)
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: exonCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
ATGGGTCCTCCGTCTATCATTGTCCATCTTGTTATCGCAGTTTGCGTGGTAGCTTTAAGCTCATCATCCACAACTGCTGAAGGCTACGACGACTACTATTCTCCTCCTCCACCTGTCAAATACTCTTCGCCGCCACCACCTGCCTACTACTCTCCTCCACCTCCTAAGAAGGACGACGAATACAAATCTCCTCCTCCACCGGAAGTAAAGAAGTCTCCTCCACCACCACCTCCACGAAAGAAGCCACCCCCTCCACCCGCACCAAAGAAATCTCCTCCGCCACCACCTCCACGAAAGAAGTCACCCCCTCCACCCGCACCAAAGAAATCTCCTCCGCCCCCACCTCCACGAAAGAAGTCACCCCCTCCACCCGCACCAAAGAAATCTCCTCCGCCCCCACCTCCACGAAAGAAGTCACCCCCTCCACCCGCACCAAAGAAATCTCCTCCGCCCCCACCTCCACGAAAGAAGTCACCCCCTCCACCCGCACCAAAGAAATCTCCTCCTCCACCGCCGCCACGAAAGAAGTCTCCACCTCCGCCACCGCCAAAGAAGTCTCCTCCGCCACCCTCGCCCGTGTACAAGTCGCCTCCTCCCCCACCATCGCCTTACTACTACTAG

mRNA sequence

ATGGGTCCTCCGTCTATCATTGTCCATCTTGTTATCGCAGTTTGCGTGGTAGCTTTAAGCTCATCATCCACAACTGCTGAAGGCTACGACGACTACTATTCTCCTCCTCCACCTGTCAAATACTCTTCGCCGCCACCACCTGCCTACTACTCTCCTCCACCTCCTAAGAAGGACGACGAATACAAATCTCCTCCTCCACCGGAAGTAAAGAAGTCTCCTCCACCACCACCTCCACGAAAGAAGCCACCCCCTCCACCCGCACCAAAGAAATCTCCTCCGCCACCACCTCCACGAAAGAAGTCACCCCCTCCACCCGCACCAAAGAAATCTCCTCCGCCCCCACCTCCACGAAAGAAGTCACCCCCTCCACCCGCACCAAAGAAATCTCCTCCGCCCCCACCTCCACGAAAGAAGTCACCCCCTCCACCCGCACCAAAGAAATCTCCTCCGCCCCCACCTCCACGAAAGAAGTCACCCCCTCCACCCGCACCAAAGAAATCTCCTCCTCCACCGCCGCCACGAAAGAAGTCTCCACCTCCGCCACCGCCAAAGAAGTCTCCTCCGCCACCCTCGCCCGTGTACAAGTCGCCTCCTCCCCCACCATCGCCTTACTACTACTAG

Coding sequence (CDS)

ATGGGTCCTCCGTCTATCATTGTCCATCTTGTTATCGCAGTTTGCGTGGTAGCTTTAAGCTCATCATCCACAACTGCTGAAGGCTACGACGACTACTATTCTCCTCCTCCACCTGTCAAATACTCTTCGCCGCCACCACCTGCCTACTACTCTCCTCCACCTCCTAAGAAGGACGACGAATACAAATCTCCTCCTCCACCGGAAGTAAAGAAGTCTCCTCCACCACCACCTCCACGAAAGAAGCCACCCCCTCCACCCGCACCAAAGAAATCTCCTCCGCCACCACCTCCACGAAAGAAGTCACCCCCTCCACCCGCACCAAAGAAATCTCCTCCGCCCCCACCTCCACGAAAGAAGTCACCCCCTCCACCCGCACCAAAGAAATCTCCTCCGCCCCCACCTCCACGAAAGAAGTCACCCCCTCCACCCGCACCAAAGAAATCTCCTCCGCCCCCACCTCCACGAAAGAAGTCACCCCCTCCACCCGCACCAAAGAAATCTCCTCCTCCACCGCCGCCACGAAAGAAGTCTCCACCTCCGCCACCGCCAAAGAAGTCTCCTCCGCCACCCTCGCCCGTGTACAAGTCGCCTCCTCCCCCACCATCGCCTTACTACTACTAG

Protein sequence

MGPPSIIVHLVIAVCVVALSSSSTTAEGYDDYYSPPPPVKYSSPPPPAYYSPPPPKKDDEYKSPPPPEVKKSPPPPPPRKKPPPPPAPKKSPPPPPPRKKSPPPPAPKKSPPPPPPRKKSPPPPAPKKSPPPPPPRKKSPPPPAPKKSPPPPPPRKKSPPPPAPKKSPPPPPPRKKSPPPPPPKKSPPPPSPVYKSPPPPPSPYYY
BLAST of CmaCh09G011080 vs. TrEMBL
Match: A0A068VKQ7_COFCA (Uncharacterized protein OS=Coffea canephora GN=GSCOC_T00010544001 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 78.6 bits (192), Expect = 1.0e-11
Identity = 129/177 (72.88%), Postives = 131/177 (74.01%), Query Frame = 1

Query: 35  PPPPVKYSSPPPPAYYSPPPPKKDDEYKS-PPPPEVKKSPPPPPP-RKKPPPPPAPKKSP 94
           PPPP  +S PPPP Y +PPPP     YKS PPPP V KSPPPPPP  K PPPPP   KSP
Sbjct: 123 PPPPPVHSPPPPPIYKAPPPP--PPVYKSPPPPPPVYKSPPPPPPVYKSPPPPPPVYKSP 182

Query: 95  PPPPPRKKSPPPPAP-KKSPPPPPPRKKSPPPPAP-KKSPPPPPPRKKSPPPPAP-KKSP 154
           PPPPP  KSPPPP P  KSPPPPPP  KSPPPP P  KSPPPPPP  KSPPPP P  KSP
Sbjct: 183 PPPPPVYKSPPPPPPVYKSPPPPPPVYKSPPPPPPVYKSPPPPPPVYKSPPPPPPVYKSP 242

Query: 155 PPPPPRKKSPPPPAP-KKSPPPPPPRKKSPPPPPP-KKSPPPPSPVYKSPPPPPSPY 205
           PPPPP  KSPPPP P  KSPPPPPP  KSPPPPPP  KSPPPP PVYKSPPPPP  Y
Sbjct: 243 PPPPPVYKSPPPPPPVYKSPPPPPPVYKSPPPPPPVYKSPPPPPPVYKSPPPPPPVY 297

BLAST of CmaCh09G011080 vs. TrEMBL
Match: A0A103XZ39_CYNCS (Extensin repeat-containing protein OS=Cynara cardunculus var. scolymus GN=Ccrd_022219 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 68.2 bits (165), Expect = 1.4e-08
Identity = 140/236 (59.32%), Postives = 150/236 (63.56%), Query Frame = 1

Query: 10  LVIAVCVVALSSSSTTAEGYDDYYSPPPPVKYSSPPPPA----YYSPPPPKKDDEYKSPP 69
           + +AV +V+LS  S T   Y  Y SPPPP    SPPPPA    Y SPPPP     YKSPP
Sbjct: 13  ITLAVVIVSLSLPSLTTATYP-YSSPPPPPPKKSPPPPAHHYIYKSPPPPPP--VYKSPP 72

Query: 70  PPEVK-KSPPPPPP-RKKPPPPPAP--KKSPPPPPPRK----KSPPPPAPK-----KSPP 129
           PP+   KSPPPP P  K PPPP  P   KSPPPPPP++    KSPPPP PK     KSPP
Sbjct: 73  PPKYYYKSPPPPTPVHKSPPPPKKPYVYKSPPPPPPKEHYVYKSPPPPPPKKHYVYKSPP 132

Query: 130 PPPPRK----KSPPPPAPK-----KSPPPPPPRKKSPPPPAPK-----KSPPPPPPRKKS 189
           PPPP+K    KSPPPP PK     KSPPPPPP  KSPPPP PK     KSPPPP P  KS
Sbjct: 133 PPPPKKHYVYKSPPPPPPKKHYVYKSPPPPPPTHKSPPPPPPKKPYVYKSPPPPTPVHKS 192

Query: 190 PPPPAPK---KSPPPPPPRKKSPPPPPPK-----KSPPPPSPVYKSPPPPPSPYYY 207
           PPPP      KSPPPPPP  KSPPPP PK     KSPPPP+PV+KSPPPP   Y Y
Sbjct: 193 PPPPKKPYVYKSPPPPPPVHKSPPPPAPKKPYVYKSPPPPTPVHKSPPPPTPHYKY 245

BLAST of CmaCh09G011080 vs. TrEMBL
Match: Q9FSG1_NICSY (Putative extensin OS=Nicotiana sylvestris GN=Ext1.2A PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 66.2 bits (160), Expect = 5.2e-08
Identity = 136/202 (67.33%), Postives = 139/202 (68.81%), Query Frame = 1

Query: 32  YYSPPPPV-KYSSPPPP--AYYSPPPPKKDDEYKSPPPPEVK-KSPPPPPPRKKPPPPPA 91
           Y SPPPPV KY SPPPP   Y SPPPP    +YKSPPPP  K KSPPPPPP  K PPPP 
Sbjct: 102 YKSPPPPVYKYKSPPPPPPVYKSPPPPVY--KYKSPPPPVYKYKSPPPPPPVYKSPPPPV 161

Query: 92  PK-KSPPPPPPRKKSPPPPAPK-----------KSPPPPPPRKKSPPPPAPK-KSPPPPP 151
            K KSPPPPPP  KSPPPP  K           KSPPPPPP  KSPPPP  K KSPPPPP
Sbjct: 162 YKYKSPPPPPPVHKSPPPPIYKYKSPPPPVYKYKSPPPPPPMYKSPPPPVYKHKSPPPPP 221

Query: 152 P--RKKSPPPPAPK-KSPPPPPPRKKSPPPPAPK-KSPPPPPPRKKSPPPPPPK-KSPPP 207
           P  + KSPPPP  K KSPPPPPP  KSPPPP  K KSPPPPPP  KSPPPP  K KSPPP
Sbjct: 222 PVYKYKSPPPPVYKYKSPPPPPPVYKSPPPPIYKYKSPPPPPPVYKSPPPPVYKYKSPPP 281

BLAST of CmaCh09G011080 vs. TrEMBL
Match: A0A067LES1_JATCU (Uncharacterized protein OS=Jatropha curcas GN=JCGZ_25201 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 62.4 bits (150), Expect = 7.5e-07
Identity = 121/189 (64.02%), Postives = 126/189 (66.67%), Query Frame = 1

Query: 35  PPPPVKYSSPPPP--AYYSPPPPKKDDEYKSPPPPEVK-KSPPPPPPRKKPPPPPAPK-- 94
           PPPP KY SPPPP   Y  PPPPKK  +YKSPPPP  K KSPPPPPP   PPPPP     
Sbjct: 132 PPPPYKYKSPPPPPPVYSPPPPPKKPYKYKSPPPPPYKYKSPPPPPPVYSPPPPPKKPYK 191

Query: 95  -KSPPPPPPRKKSPPPPAPKKSPPPPPPRK---KSPPPPAPKKSPPPPPPRKKSPPPPAP 154
            KSPPPPP + KSPPPP P  SPPPPP +    KSPPPP  K   PPPPP   SPPPP  
Sbjct: 192 YKSPPPPPYKYKSPPPPPPVYSPPPPPKKPYKYKSPPPPPYKYKSPPPPPPVYSPPPPPK 251

Query: 155 K----KSPPPPPPRKKSPPPPAPKKSPPPPPPRK---KSPPPPPPK-KSPPPPSPVYKSP 207
           K    KSPPPPP + KSPPPP P  SPPPPP +    KSPPPPP K KSPPPP PVY  P
Sbjct: 252 KPYKYKSPPPPPYKYKSPPPPPPVYSPPPPPKKPYKYKSPPPPPYKYKSPPPPPPVYSPP 311

BLAST of CmaCh09G011080 vs. NCBI nr
Match: gi|661875154|emb|CDP20248.1| (unnamed protein product [Coffea canephora])

HSP 1 Score: 78.6 bits (192), Expect = 1.4e-11
Identity = 129/177 (72.88%), Postives = 131/177 (74.01%), Query Frame = 1

Query: 35  PPPPVKYSSPPPPAYYSPPPPKKDDEYKS-PPPPEVKKSPPPPPP-RKKPPPPPAPKKSP 94
           PPPP  +S PPPP Y +PPPP     YKS PPPP V KSPPPPPP  K PPPPP   KSP
Sbjct: 123 PPPPPVHSPPPPPIYKAPPPP--PPVYKSPPPPPPVYKSPPPPPPVYKSPPPPPPVYKSP 182

Query: 95  PPPPPRKKSPPPPAP-KKSPPPPPPRKKSPPPPAP-KKSPPPPPPRKKSPPPPAP-KKSP 154
           PPPPP  KSPPPP P  KSPPPPPP  KSPPPP P  KSPPPPPP  KSPPPP P  KSP
Sbjct: 183 PPPPPVYKSPPPPPPVYKSPPPPPPVYKSPPPPPPVYKSPPPPPPVYKSPPPPPPVYKSP 242

Query: 155 PPPPPRKKSPPPPAP-KKSPPPPPPRKKSPPPPPP-KKSPPPPSPVYKSPPPPPSPY 205
           PPPPP  KSPPPP P  KSPPPPPP  KSPPPPPP  KSPPPP PVYKSPPPPP  Y
Sbjct: 243 PPPPPVYKSPPPPPPVYKSPPPPPPVYKSPPPPPPVYKSPPPPPPVYKSPPPPPPVY 297

BLAST of CmaCh09G011080 vs. NCBI nr
Match: gi|976913253|gb|KVH99544.1| (Extensin repeat-containing protein [Cynara cardunculus var. scolymus])

HSP 1 Score: 68.2 bits (165), Expect = 2.0e-08
Identity = 140/236 (59.32%), Postives = 150/236 (63.56%), Query Frame = 1

Query: 10  LVIAVCVVALSSSSTTAEGYDDYYSPPPPVKYSSPPPPA----YYSPPPPKKDDEYKSPP 69
           + +AV +V+LS  S T   Y  Y SPPPP    SPPPPA    Y SPPPP     YKSPP
Sbjct: 13  ITLAVVIVSLSLPSLTTATYP-YSSPPPPPPKKSPPPPAHHYIYKSPPPPPP--VYKSPP 72

Query: 70  PPEVK-KSPPPPPP-RKKPPPPPAP--KKSPPPPPPRK----KSPPPPAPK-----KSPP 129
           PP+   KSPPPP P  K PPPP  P   KSPPPPPP++    KSPPPP PK     KSPP
Sbjct: 73  PPKYYYKSPPPPTPVHKSPPPPKKPYVYKSPPPPPPKEHYVYKSPPPPPPKKHYVYKSPP 132

Query: 130 PPPPRK----KSPPPPAPK-----KSPPPPPPRKKSPPPPAPK-----KSPPPPPPRKKS 189
           PPPP+K    KSPPPP PK     KSPPPPPP  KSPPPP PK     KSPPPP P  KS
Sbjct: 133 PPPPKKHYVYKSPPPPPPKKHYVYKSPPPPPPTHKSPPPPPPKKPYVYKSPPPPTPVHKS 192

Query: 190 PPPPAPK---KSPPPPPPRKKSPPPPPPK-----KSPPPPSPVYKSPPPPPSPYYY 207
           PPPP      KSPPPPPP  KSPPPP PK     KSPPPP+PV+KSPPPP   Y Y
Sbjct: 193 PPPPKKPYVYKSPPPPPPVHKSPPPPAPKKPYVYKSPPPPTPVHKSPPPPTPHYKY 245

BLAST of CmaCh09G011080 vs. NCBI nr
Match: gi|698524602|ref|XP_009759106.1| (PREDICTED: extensin-2 [Nicotiana sylvestris])

HSP 1 Score: 66.2 bits (160), Expect = 7.4e-08
Identity = 136/202 (67.33%), Postives = 139/202 (68.81%), Query Frame = 1

Query: 32  YYSPPPPV-KYSSPPPP--AYYSPPPPKKDDEYKSPPPPEVK-KSPPPPPPRKKPPPPPA 91
           Y SPPPPV KY SPPPP   Y SPPPP    +YKSPPPP  K KSPPPPPP  K PPPP 
Sbjct: 102 YKSPPPPVYKYKSPPPPPPVYKSPPPPVY--KYKSPPPPVYKYKSPPPPPPVYKSPPPPV 161

Query: 92  PK-KSPPPPPPRKKSPPPPAPK-----------KSPPPPPPRKKSPPPPAPK-KSPPPPP 151
            K KSPPPPPP  KSPPPP  K           KSPPPPPP  KSPPPP  K KSPPPPP
Sbjct: 162 YKYKSPPPPPPVHKSPPPPIYKYKSPPPPVYKYKSPPPPPPMYKSPPPPVYKHKSPPPPP 221

Query: 152 P--RKKSPPPPAPK-KSPPPPPPRKKSPPPPAPK-KSPPPPPPRKKSPPPPPPK-KSPPP 207
           P  + KSPPPP  K KSPPPPPP  KSPPPP  K KSPPPPPP  KSPPPP  K KSPPP
Sbjct: 222 PVYKYKSPPPPVYKYKSPPPPPPVYKSPPPPIYKYKSPPPPPPVYKSPPPPVYKYKSPPP 281

BLAST of CmaCh09G011080 vs. NCBI nr
Match: gi|697099884|ref|XP_009588436.1| (PREDICTED: extensin-2 [Nicotiana tomentosiformis])

HSP 1 Score: 65.1 bits (157), Expect = 1.7e-07
Identity = 132/186 (70.97%), Postives = 134/186 (72.04%), Query Frame = 1

Query: 32  YYSPPPPV-KYSSPPPP--AYYSPPPPKKDDEYKSPPPPEVK-KSPPPPPPRKKPPPPPA 91
           Y SPPPPV KY SPPPP   Y SPPPP    +YKSPPPP  K KSPPPPPP  K PPPP 
Sbjct: 254 YKSPPPPVYKYKSPPPPPPVYKSPPPPVY--KYKSPPPPVYKYKSPPPPPPVYKSPPPPV 313

Query: 92  PK-KSPPPPPPRKKSPPPPAPK-KSPPPPPPRKKSPPPPAPK---KSPPPPPPRKKSPPP 151
            K KSPPPPPP  KSPPPP  K KSPPPP  + KSPPPP P    KSPPPPPP  KSPPP
Sbjct: 314 YKYKSPPPPPPVYKSPPPPVYKYKSPPPPVYKYKSPPPPPPVYKYKSPPPPPPIYKSPPP 373

Query: 152 PAPK-KSPPPPPPRKKSPPPPAPK-KSPPPPPPRKKSPPPPPPK-KSPPPPSPVYKSPPP 206
           P  K KSPPPPPP  KSPPPP  K KSPPPPPP  KSPPPP  K KSPPPP PVYKSPPP
Sbjct: 374 PVYKYKSPPPPPPVYKSPPPPVYKYKSPPPPPPVYKSPPPPVYKYKSPPPPPPVYKSPPP 433

BLAST of CmaCh09G011080 vs. NCBI nr
Match: gi|643736744|gb|KDP43015.1| (hypothetical protein JCGZ_25201 [Jatropha curcas])

HSP 1 Score: 62.4 bits (150), Expect = 1.1e-06
Identity = 121/189 (64.02%), Postives = 126/189 (66.67%), Query Frame = 1

Query: 35  PPPPVKYSSPPPP--AYYSPPPPKKDDEYKSPPPPEVK-KSPPPPPPRKKPPPPPAPK-- 94
           PPPP KY SPPPP   Y  PPPPKK  +YKSPPPP  K KSPPPPPP   PPPPP     
Sbjct: 132 PPPPYKYKSPPPPPPVYSPPPPPKKPYKYKSPPPPPYKYKSPPPPPPVYSPPPPPKKPYK 191

Query: 95  -KSPPPPPPRKKSPPPPAPKKSPPPPPPRK---KSPPPPAPKKSPPPPPPRKKSPPPPAP 154
            KSPPPPP + KSPPPP P  SPPPPP +    KSPPPP  K   PPPPP   SPPPP  
Sbjct: 192 YKSPPPPPYKYKSPPPPPPVYSPPPPPKKPYKYKSPPPPPYKYKSPPPPPPVYSPPPPPK 251

Query: 155 K----KSPPPPPPRKKSPPPPAPKKSPPPPPPRK---KSPPPPPPK-KSPPPPSPVYKSP 207
           K    KSPPPPP + KSPPPP P  SPPPPP +    KSPPPPP K KSPPPP PVY  P
Sbjct: 252 KPYKYKSPPPPPYKYKSPPPPPPVYSPPPPPKKPYKYKSPPPPPYKYKSPPPPPPVYSPP 311

The following BLAST results are available for this feature:
Match NameE-valueIdentityDescription
Match NameE-valueIdentityDescription
A0A068VKQ7_COFCA1.0e-1172.88Uncharacterized protein OS=Coffea canephora GN=GSCOC_T00010544001 PE=4 SV=1[more]
A0A103XZ39_CYNCS1.4e-0859.32Extensin repeat-containing protein OS=Cynara cardunculus var. scolymus GN=Ccrd_0... [more]
Q9FSG1_NICSY5.2e-0867.33Putative extensin OS=Nicotiana sylvestris GN=Ext1.2A PE=4 SV=1[more]
A0A067LES1_JATCU7.5e-0764.02Uncharacterized protein OS=Jatropha curcas GN=JCGZ_25201 PE=4 SV=1[more]
Match NameE-valueIdentityDescription
Match NameE-valueIdentityDescription
gi|661875154|emb|CDP20248.1|1.4e-1172.88unnamed protein product [Coffea canephora][more]
gi|976913253|gb|KVH99544.1|2.0e-0859.32Extensin repeat-containing protein [Cynara cardunculus var. scolymus][more]
gi|698524602|ref|XP_009759106.1|7.4e-0867.33PREDICTED: extensin-2 [Nicotiana sylvestris][more]
gi|697099884|ref|XP_009588436.1|1.7e-0770.97PREDICTED: extensin-2 [Nicotiana tomentosiformis][more]
gi|643736744|gb|KDP43015.1|1.1e-0664.02hypothetical protein JCGZ_25201 [Jatropha curcas][more]
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
Category Term Accession Term Name
biological_process GO:0008150 biological_process
cellular_component GO:0005575 cellular_component
molecular_function GO:0003674 molecular_function

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
CmaCh09G011080.1CmaCh09G011080.1mRNA


The following gene(s) are orthologous to this gene:

None

The following gene(s) are paralogous to this gene:

None