ClCG04G010240 (gene) Watermelon (Charleston Gray)
The following sequences are available for this feature:
Legend: five_prime_UTRCDS Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.CGCCATTTTCCTTACACTTTGCCCATCGATCAATCAATCTTGTGTCCATTTTCTTCTCCACGTATACGGATAATTCCTCTCTCGCCACGCCAGCTTCACTTTTTCTCTAACACACCCACACTTTTCCCTTCTTTACCTTGCGATTCTTCTTCCGATTCTCTATCTGTTTTTTGTTCTTTTTTTCTTTTTCTTTCATGTTTCTGAACGACCTCAACTGCCGCTTCTTACTCTGTATCTCATCGCTTGCATATGGCATTTGAATTGCAGGGTACTAGCTTCCTACCGTCAAGGTACTATGATGATATGATCATTTGATTCCTTAGCGTTTTTTAGAGAAAAAGTTTGTGTGTTTGACTTACTGCTTGTTCCATAGTTCTTTCTCTTTTGGGTTGTTGTTTTATCGAGATTAGGGTTCGTGTCATGATTCTTTTCTCTCTTGGGTTGCTACTGTTATCCGGATTTTTATTTGTTATGTTTGATTGTTGGGCTAATTGAGGAAATGGGTATTGAGTTTTGGGTTAAATTGTATATATTTTTTTGCTTGAACCTTTGGGTGTTATGTTCACTTGGGGACTACTTTTTTGAATTATGTTCCTTTTTTAGTTTAGTTTTTTTTAACAATAGTTGATGGAATAGAGAGATGACACTTTGTTTTTAAATTTTAAGGTGGGGTGGCATGGTTTCACTGTTAATTGAATGGATTAGAAATGAATGGGCAGATGATCAAGTTGGATTGGGGTTGATAATCTATCTAATTGGTTGTCAGATTATTATTATTGTTATCATCATCATCATTATTTTAAATTCAACAACTTTTTGAGTTGGGAGGTTTTTTGGTGGAGGGTATATGCTTAAACCAATGAAACTAGGTACTTGGTTGTCAGATTATAATTTCACTGATCAATGTTTAAGACAAAGACTTGATAAACATAGCTCCTAAATGGACACAATGCTCAAATTACACGAGTCAAATATGTAACTTAGTCTTAGTTCCTTTGTTGTTTCGTATGGTGATTACATTTTTCTTTTATGAAGAATATCCTAGTAAAACCTCCCTGATGTTGTTGAATAATTTATGTGCTTTCTATCCTTTCTTTTTTCGGCTCACTTTTTCATCTCATTTCTTCAGTTCCTCAACTCTGCGGCTTCCATATAATCCAACTCGGACTTATTTTTCATGTAAAAGAGCTGCCCAGTTGGATGGCCTACTAAGCAGCTGGGGTAATTCAAGGAAGAGATGCCTTATAAGAGCTGTTTTATCCGGAAAAAATTACAGTAATCTCAATCATAGTCTCGTAGGCTTTAGGAAAAGCTATTTACAGCTTTGCAAACGAAGAAACCTCTCGCCCCTTGCTTCAGCAGATGAGAGTGTAACTGTCAATGGGAGTCCTCAAGCAAGCACCAGTTCTGATGTTGGAAAAATGAGGATCAGATTAGATGACTCACGGAAACAAGATTATAATGATGGCCTTGTCCAATCATTGCATGATGCTGCAAGAAATTTTGAGTTGGCTATTAAAGAACATAGTGCGTCCTCAAAAATGCTTTGGTTTTCAACAGCATGGCTTGGTATAGACAGAAATGCATGGGTTAAGGCGCTGTCTTATCAGGTAATAACTAATAACTTGAACTTTTCACTTTCAACTAACTTATGCTTCACCTTCCTCTTCACCTTCCCTTTTCATTTTCCTGAAGAAGTAGTGAATAACATCTCTTATTATCCTAATGAACTATCCTTGATAATATAATATATTATCTAGAACTAAGAAGTATGGACACAGTCTGCTGTGTGTGTGTGTGTAAACACTCCCCTATCGATGCATTTTTACATCCCACAGCTTTGGCATACCAATTAGCCCTGTTCACTGTTGGCACAAGAGTGCTCGATCAGTGAGCTATTACACACTCTTTCAAGGGTAGACCATTTCCATACTTACCTTTAGAAGGCGATTAATAATATTTGAAGAAGAGATATATCTCAAAAAGAAAGTTACATATGCCTTGGGAAAGGCACACGTTGGTATAGAATAATGAATAAAGCTTTTGTTTTAGAAAAGATGCATTGGAGGATTTTTAGGAAAATCTCATCCCCAACTTATTTATCCCAACCTAAGGTCAGATGCGTAGCTTGGAACTTTCTTGTGGGTGTGCAGTGTTGTTATTGTTTAATCTGATGGTGAGCGCAGTGCTCCTGATGTTATCTCCATTCTGCTTGCATGATAGTTTGTTTAGTCGTTTAGATATCTTGCCTGGTAGTCACCCAAGTTATATTTTGTATAGCATTAACATTAAATAACCAGGTGAACCATTTTGATGTGATTAGGTATCTCAATGTCAAACATTATTTCTGCTATCTAAAGGGAGTATTATTTACAGGCCTCTGTGTATTCTTTGTTGCAAGCAGCTAGTGAAATTTCATCTCGGGGTGATAGTAGAGACAGAGATGTGAATGTCTTTGTTGAGAGGAGGTAATAAATTCTGGTCTTTTTGTTAGATTTTTTTGTTGTTGTTCGCTTGTTTTTTTTATTTTTTTTTATTTTTTTATTTTTTTATTTTATATATATATAATTGTTTTATAATTTTTTATTATTATTATTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTATTTATTTATTTTTAAGAAAAAAGAAATTTGTATTGATCAAAAAAAGGACGGCCAAGGGCTGGGTAGAGAAAACCCCAGCCCAATGAGTTACAGAAAAAAATCATAAGAAGATTGTCATTACACAAGAATTTTTGTGGTTTATACACTACTATGACGACACATGTTGTACATTAGCCCAAAAACAGTCCTCTAAAAATAACTTATCTTGAAGACATTGATTTCTTTTTTTCCACGTGTAAAGAAGCGCTCTAGTTCGACCTCACAAAATCTTAGTTATTCTTGAAAAGACATGCCCGCAAACATTCAGTCAACAATCTTCTATTTTAAGAGGCAAACACATTGAAATGCCAGATTCCATAAATTGTTGATTCTACGCTCTAGTCACAAAAGGGAAACAAAGTAGATGATATATGGCATCCTCATTCTAAGACAGAAAATGCACACTGAGGGGGAGAGTGCCCAATTTGGGAATTCTCTTTGTAATATATCGGTTGTGTTCAAGCTTCTATAGCCAACAGTCCAAAGGAAGGGAAGCTTTTTTCCTTAAGCAGAGTATTTCTTATGACTGAGAATGTTGTTCTGGAAATGATTCAGCTTCTGGTCATACACGATGCCAACACATTATGGAACAAAAGTAATTTTCATTAGTAATTTGGAATTTGGATACCATTTTAGGTGGTGTTTGGGGTGAGGAGATGAGATGAGATGAGATGAGTTGAGATACGAACTCAACTTATTGTTTGAGAGGCCAACTTCATATGTCACTGGCATTCTATACCATGTCCACCAACAATACATTCAAACCTTATCACCACCAATGCCTCGTTGCTTAACTCCGATAGTCACCTCCAATGCCCAACTCCGACAATTACCTTTGACGACCACTTCTGATGACGACCTCCGACAACCAACTTCGGCAACCATTGCTTGCGGCCAACTTTAGCAACATTCAACCACTACTATTGACGGCCAACTCATACGACCTTCGATGGTAGCCACTCCACCAACTCCAACGATCATTGTTTTAAATTATCACTACCACAAATTTGGGTTTTGTTGACACACGAGGTTTTTGTTTTGTTGATGCTCGTGGCATAAAACTGTCAATTAAACCTTAATTTAAAGCTTAAAAAGAACTATGAATTTCAAAATACATATAAAACATCAATAAATGTTTATATTTAAATTGACGCACAAAATTGTTAATAATAACATCTTTTTTGACACAAAAATACAGAAATTTCGTCAAAACATTGAATTCCTGATTTTTTTTAATAGTTCATAGGATTTTCTAGGCGTTCCTTATAATAATTTAACATTAATAAAATCACTTTTATCATGTAAGAAATTGAACAAACTTGTATGTACAAACACTTTTGAGATAAAATTGCCAGAAACATGAGTGTTTTTATTTTAAAAAGTTTTTATCAAAAGTGTTAAAATAAAAATGACGTATCTAGAAACGTCACATGCACAAATTTTTAAAATTATTGCTTAAATTAAAAAAAAAAAATGAAATGCATGATCCAAAAGTAAACCCTAAACCCTATTTACCAAAACTCCCAACAACACACGTGGCTTAAAAAACAATAAATAAAGTGCAATCTATAGTTTATTAAAAAAAATGTAGAATTATCGAATAAAAAAGTTTGCGAACAAAAATAATCATCATAAAAACATGTTATTTATGTAAAAAAATATGAACTCAGGACCCCAAACACCCATAACATAGACATATGAATTCCACCAACATATAAACTCCACGTACATATGAACTTCAGACAAAGTTCATATGAGCTCGATTCAACACACCAAACAACCCCTTAAGAACACTTTAATTAAATTACTTGGATGCTATTAAAACTAAACTTGAATTTTGGGTTCACAAAAGTACTTTTAAAGGACTCTCAATGCATTGCCTGAATAACTTAAACTTGGCCTTTCGTACGTTTAAAATATGATACCCTGAGCTTTAGTTTTATGTTTCCCCTATTTATTAAGTGGGTTTTATGTTTCCCCTATTTATTAAGTGGGTGTGTCAAATTAAACAAAACTAGATATGCAACCAAATTCCATCACAAAAACTTCCAATTGCAAATCCAGCTGCACTTTGAAAGGTTATATTCTCTCTCTCTTTCTAGTTATTTGATTTTCATGATTTGATGGTAATGATAGTGGCTGATTGTTGATCTAGACTTCTACCTGTGGCTCATTGTTGAAGTCATCAATTGTTAAATCATTGCACTTTTGCAGTTTACTACGCCAATCTGCTCCCTTGGAGAGTTTAATCAGAGATCAACTATTAGCCAAGCAACCAGAAGCTTATGATTGGTTTTGGTCTCAGCAAATCCCGGTGGTGATAACATCATTTG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MAFELQGTSFLPSSSSTLRLPYNPTRTYFSCKRAAQLDGLLSSWGNSRKRCLIRAVLSGKNYSNLNHSLVGFRKSYLQLCKRRNLSPLASADESVTVNGSPQASTSSDVGKMRIRLDDSRKQDYNDGLVQSLHDAARNFELAIKEHSASSKMLWFSTAWLGIDRNAWVKALSYQASVYSLLQAASEISSRGDSRDRDVNVFVERSLLRQSAPLESLIRDQLLAKQPEAYDWFWSQQIPVVITSFVNNFERDPRFAAATVLDGRGLPVDPGNTSDVSLLMLALACLAAITKLGPAKVSCPQFFSIIPEISGRLMDMLVEYVPISEAFQSIKSIGMRREFLVHFGSRAAACRVKNDSGAEEVIFWVGLVQKQLQQAIDRERIWSRLTTSESIEVLEKDLAIFGFFIALGRSTQSFLSANGFDVLDDSLGSFIRYLIGGSVLYYPHLSSISSYQLYVEVVCEELDWLPFYPSNPGYLKPSHGHTSKREGPPNVEAIPQALDVCAHWIECFIKYSKWLENPSNVKAAKFLSVGNEMLEINTDISVERTGSSNSSTTERETESFDKALESVEEALKRLEQLLQELHVSSTNSGREHLKAACSDLEKIRKLKKEAEFLEASFRAKAAFLQQEDDESLAQSSSSNQLEYLKGKNKKRAKTVINRNNRQEHPAYLVDYGTSWSLLLGNLILSQASMDQYEDSNGRQTSDAGVTNTELNEFHRFELLRNELIELEKRVQRSSEESETDEELKDADDTASSFRNSENSQLVQIQKKDNIIEKSIDKLKETGTDVWQGTQLLAIDVAAAMGLLRRVLSGDELTGKEKKALRRTLTDLASVVPIGVLMLLPVTAVGHAAMLAAIQRYVPSLIPSTYGQERLNLLRQLEKVKEMKTSEVNSDENTEEEEADRSAATATSGNLHLSGHCGCTGILDQQMGNSQCKSGMDKFHPKPIYHWSNHKLLATATTVTES
BLAST of ClCG04G010240 vs. Swiss-Prot
Match: A60DA_DROME (LETM1 and EF-hand domain-containing protein anon-60Da, mitochondrial OS=Drosophila melanogaster GN=Letm1 PE=2 SV=2) HSP 1 Score: 62.0 bits (149), Expect = 4.1e-08 Identity = 70/266 (26.32%), Postives = 116/266 (43.61%), Query Frame = 1
BLAST of ClCG04G010240 vs. Swiss-Prot
Match: MDM28_SCHPO (LETM1 domain-containing protein mdm28, mitochondrial OS=Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) GN=mdm28 PE=2 SV=3) HSP 1 Score: 59.3 bits (142), Expect = 2.7e-07 Identity = 44/174 (25.29%), Postives = 82/174 (47.13%), Query Frame = 1
BLAST of ClCG04G010240 vs. TrEMBL
Match: A0A0A0KFE3_CUCSA (Uncharacterized protein OS=Cucumis sativus GN=Csa_6G454310 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 1562.7 bits (4045), Expect = 0.0e+00 Identity = 812/912 (89.04%), Postives = 841/912 (92.21%), Query Frame = 1
BLAST of ClCG04G010240 vs. TrEMBL
Match: U5G897_POPTR (Uncharacterized protein OS=Populus trichocarpa GN=POPTR_0006s22480g PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 1128.6 bits (2918), Expect = 0.0e+00 Identity = 603/917 (65.76%), Postives = 712/917 (77.64%), Query Frame = 1
BLAST of ClCG04G010240 vs. TrEMBL
Match: D7TH25_VITVI (Putative uncharacterized protein OS=Vitis vinifera GN=VIT_08s0007g02840 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 1120.9 bits (2898), Expect = 0.0e+00 Identity = 603/919 (65.61%), Postives = 708/919 (77.04%), Query Frame = 1
BLAST of ClCG04G010240 vs. TrEMBL
Match: B9IIR0_POPTR (Uncharacterized protein OS=Populus trichocarpa GN=POPTR_0016s07580g PE=4 SV=2) HSP 1 Score: 1097.4 bits (2837), Expect = 0.0e+00 Identity = 584/906 (64.46%), Postives = 698/906 (77.04%), Query Frame = 1
BLAST of ClCG04G010240 vs. TrEMBL
Match: A0A059DJD5_EUCGR (Uncharacterized protein OS=Eucalyptus grandis GN=EUGRSUZ_A02629 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 1092.4 bits (2824), Expect = 0.0e+00 Identity = 588/922 (63.77%), Postives = 709/922 (76.90%), Query Frame = 1
BLAST of ClCG04G010240 vs. TAIR10
Match: AT3G11560.2 (AT3G11560.2 LETM1-like protein) HSP 1 Score: 962.2 bits (2486), Expect = 2.4e-280 Identity = 520/902 (57.65%), Postives = 653/902 (72.39%), Query Frame = 1
BLAST of ClCG04G010240 vs. TAIR10
Match: AT5G06220.2 (AT5G06220.2 LETM1-like protein) HSP 1 Score: 593.2 bits (1528), Expect = 2.9e-169 Identity = 305/534 (57.12%), Postives = 389/534 (72.85%), Query Frame = 1
HSP 2 Score: 362.8 bits (930), Expect = 6.3e-100 Identity = 212/353 (60.06%), Postives = 252/353 (71.39%), Query Frame = 1
BLAST of ClCG04G010240 vs. TAIR10
Match: AT1G65540.1 (AT1G65540.1 LETM1-like protein) HSP 1 Score: 56.2 bits (134), Expect = 1.3e-07 Identity = 36/135 (26.67%), Postives = 69/135 (51.11%), Query Frame = 1
BLAST of ClCG04G010240 vs. NCBI nr
Match: gi|659125272|ref|XP_008462601.1| (PREDICTED: uncharacterized protein LOC103500920 [Cucumis melo]) HSP 1 Score: 1569.7 bits (4063), Expect = 0.0e+00 Identity = 820/915 (89.62%), Postives = 846/915 (92.46%), Query Frame = 1
BLAST of ClCG04G010240 vs. NCBI nr
Match: gi|449451167|ref|XP_004143333.1| (PREDICTED: uncharacterized protein LOC101216170 [Cucumis sativus]) HSP 1 Score: 1562.7 bits (4045), Expect = 0.0e+00 Identity = 812/912 (89.04%), Postives = 841/912 (92.21%), Query Frame = 1
BLAST of ClCG04G010240 vs. NCBI nr
Match: gi|802611264|ref|XP_012074391.1| (PREDICTED: uncharacterized protein LOC105635877 isoform X1 [Jatropha curcas]) HSP 1 Score: 1132.1 bits (2927), Expect = 0.0e+00 Identity = 601/913 (65.83%), Postives = 714/913 (78.20%), Query Frame = 1
BLAST of ClCG04G010240 vs. NCBI nr
Match: gi|802611268|ref|XP_012074393.1| (PREDICTED: uncharacterized protein LOC105635877 isoform X2 [Jatropha curcas]) HSP 1 Score: 1129.4 bits (2920), Expect = 0.0e+00 Identity = 602/913 (65.94%), Postives = 713/913 (78.09%), Query Frame = 1
BLAST of ClCG04G010240 vs. NCBI nr
Match: gi|566177598|ref|XP_006381966.1| (hypothetical protein POPTR_0006s22480g [Populus trichocarpa]) HSP 1 Score: 1128.6 bits (2918), Expect = 0.0e+00 Identity = 603/917 (65.76%), Postives = 712/917 (77.64%), Query Frame = 1
The following BLAST results are available for this feature:
The following terms have been associated with this gene:
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
The following mRNA feature(s) are a part of this gene:
Analysis Name: InterPro Annotations of watermelon (Charleston Gray)
Date Performed: 2016-09-28
The following gene(s) are orthologous to this gene:
The following gene(s) are paralogous to this gene: None The following block(s) are covering this gene: |