CSPI01G00400 (gene) Wild cucumber (PI 183967)

NameCSPI01G00400
Typegene
OrganismCucumis sativus (Wild cucumber (PI 183967))
DescriptionUnknown protein
LocationChr1 : 223098 .. 224116 (-)
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: CDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
ATGAAATTGTGGGAAAACCATATTAGTTAAAGTTAACATGAAATTGCACAAAATATTCAGGATGTGCAAATTCAAAGGCAAAAAGGGAAAGAAAAACGATTAGGAAAGAATCAATTATATAGAATTTCACAAACAACTTATTAAAAAGGAGGGAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGTAG

mRNA sequence

ATGAAATTGAGGGAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGTAG

Coding sequence (CDS)

ATGAAATTGAGGGAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGTAG
The following BLAST results are available for this feature:
Match NameE-valueIdentityDescription
Match NameE-valueIdentityDescription
Match NameE-valueIdentityDescription
Match NameE-valueIdentityDescription
The following terms have been associated with this gene:
Vocabulary: INTERPRO
TermDefinition
IPR005819Histone_H5
Vocabulary: Cellular Component
TermDefinition
GO:0000786nucleosome
Vocabulary: Molecular Function
TermDefinition
GO:0003677DNA binding
Vocabulary: Biological Process
TermDefinition
GO:0006334nucleosome assembly
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
Category Term Accession Term Name
biological_process GO:0006334 nucleosome assembly
cellular_component GO:0000786 nucleosome
molecular_function GO:0003677 DNA binding

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
CSPI01G00400.1CSPI01G00400.1mRNA


Analysis Name: InterPro Annotations of cucumber (PI183967)
Date Performed: 2017-01-17
IPR TermIPR DescriptionSourceSource TermSource DescriptionAlignment
IPR005819Histone H5PRINTSPR00624HISTONEH5coord: 58..77
score: 3.5E-6coord: 6..20
score: 3.5E-6coord: 36..53
score: 3.
NoneNo IPR availableunknownCoilCoilcoord: 3..292
scor

The following gene(s) are orthologous to this gene:

None

The following gene(s) are paralogous to this gene:

None

The following block(s) are covering this gene:
GeneOrganismBlock
CSPI01G00400Cucurbita pepo (Zucchini)cpecpiB361
CSPI01G00400Cucurbita pepo (Zucchini)cpecpiB515
CSPI01G00400Cucurbita pepo (Zucchini)cpecpiB656
CSPI01G00400Bottle gourd (USVL1VR-Ls)cpilsiB001
CSPI01G00400Bottle gourd (USVL1VR-Ls)cpilsiB041
CSPI01G00400Bottle gourd (USVL1VR-Ls)cpilsiB070
CSPI01G00400Melon (DHL92) v3.6.1cpimedB014
CSPI01G00400Melon (DHL92) v3.6.1cpimedB049
CSPI01G00400Cucumber (Gy14) v2cgybcpiB001
CSPI01G00400Cucumber (Gy14) v2cgybcpiB013
CSPI01G00400Cucumber (Gy14) v2cgybcpiB095
CSPI01G00400Silver-seed gourdcarcpiB0396
CSPI01G00400Silver-seed gourdcarcpiB0642
CSPI01G00400Cucumber (Chinese Long) v3cpicucB015
CSPI01G00400Cucumber (Chinese Long) v3cpicucB001
CSPI01G00400Cucumber (Chinese Long) v3cpicucB028
CSPI01G00400Cucumber (Chinese Long) v3cpicucB053
CSPI01G00400Watermelon (97103) v2cpiwmbB051
CSPI01G00400Watermelon (97103) v2cpiwmbB079
CSPI01G00400Wax gourdcpiwgoB061
CSPI01G00400Wax gourdcpiwgoB081
CSPI01G00400Wild cucumber (PI 183967)cpicpiB003
CSPI01G00400Wild cucumber (PI 183967)cpicpiB014
CSPI01G00400Cucumber (Gy14) v1cgycpiB229
CSPI01G00400Cucurbita maxima (Rimu)cmacpiB049
CSPI01G00400Cucurbita maxima (Rimu)cmacpiB085
CSPI01G00400Cucurbita maxima (Rimu)cmacpiB227
CSPI01G00400Cucurbita moschata (Rifu)cmocpiB040
CSPI01G00400Cucurbita moschata (Rifu)cmocpiB079
CSPI01G00400Cucurbita moschata (Rifu)cmocpiB213
CSPI01G00400Cucurbita moschata (Rifu)cmocpiB396
CSPI01G00400Cucumber (Chinese Long) v2cpicuB000
CSPI01G00400Cucumber (Chinese Long) v2cpicuB009
CSPI01G00400Cucumber (Chinese Long) v2cpicuB024
CSPI01G00400Melon (DHL92) v3.5.1cpimeB015
CSPI01G00400Melon (DHL92) v3.5.1cpimeB055
CSPI01G00400Melon (DHL92) v3.5.1cpimeB079
CSPI01G00400Watermelon (Charleston Gray)cpiwcgB053
CSPI01G00400Watermelon (Charleston Gray)cpiwcgB068
CSPI01G00400Watermelon (Charleston Gray)cpiwcgB083
CSPI01G00400Watermelon (97103) v1cpiwmB029
CSPI01G00400Watermelon (97103) v1cpiwmB099